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近年来,我国对于小鳄龟的称呼源于对大鳄龟的误解,通常被通俗称为“小鳄龟”。然而,在其原产地北美,人们更习惯于称其为Alligator snapping turtle,这是由于其与短吻鳄的关联。相比之下,我国的“大鳄龟”这一称呼则是因其尾背的大型脊鳞和凶猛性格而得名。在早期的龟类分类中,鳄龟与平胸龟(鹰嘴)曾被归为同一科,但这种分类基于外观上的相似性,而非深入的亲缘关系。实际上,鳄龟与动胸龟更接近,是动胸龟家族的一个特化分支,而平胸龟则与淡水龟类有所区别,是早期分离的旁支。
若将鳄龟与动胸龟比较,两者有许多共同之处,比如背甲的三条棱、细小的缘盾、不完全发育的腹甲盾片(动胸龟类例外)以及独特的甲桥结构。这些特征显示了它们的原始性,区别于其他龟类。小鳄龟的分布范围广泛,从加拿大到南美北部,由于地理差异,已经分化出四个公认的亚种,它们的外貌特征有所变化。值得注意的是,个体间的差异和变异可能会超出这些标准,所以在观察时需灵活对待。
属名:Chelydra其下有一个种,拟鳄龟,也就是小鳄龟(Chelydra serpentina)。小鳄龟一名出现在我国是近十余年的事,主要是相对于大鳄龟的大字附会而来,是平民百性对该物种的俗称,与此类似的称谓还有平板鳄龟,也是对比大鳄龟背甲上的峰状隆起而来。在此之前,即龟类宠物在我国兴起之前,我国的经典学术著作中常按英文名称称为“啮龟”,或按拉丁名译称“蛇鳄龟”。此外,尚有随台港地区图鉴而传来的名称“磕头龟”。