药物代谢除了肝脏以外最常见的部位是
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机体内的物质代谢主要在肝脏。多数药物在肝脏要经过不同程度的结构变化，包括氧化、还原、分解、结合等方式。经过代谢，其药理作用被减弱和消失。只有少数药物经过代谢才能发挥治疗作用（如环磷酰胺）。
一般药物进入血液后，由门静脉进入肝脏，经肝内药物代谢酶作用，使血药浓度降低，药理作用减弱，这种现象称为首过效应。（又称首过作用：第一关卡效应）。
有些药物可诱导肝微粒体酶的活性增强叫酶促作用，从而使药物代谢加速，导致药效减弱，如苯巴比妥，苯妥英纳可使双香豆素、糖皮质激素、雌激素代谢加快，药理作用减弱。反之。有些药物可抑制肝微粒体酶的活性，叫酶抑作用，从而使某些代谢减慢，药效增强甚至引起中毒。如异烟肼、氯霉素、香豆素类可抑制苯妥英钠代谢，从而使苯妥英纳血药浓度增高，引起中毒；西咪替丁口服后可使华法林代谢减慢，疗效增强甚至出现出血倾向等。另外，有少数药物进入血液循环后，经肝脏代谢，以原形随胆汗排入肠道，又经肠粘膜重新吸收，进入血液循环，称为肠肝循环。肠肝循环可延长药物在体内的作用时间，亦会造成药物在体内的蓄积中毒。
药物的排泄和相互作用
肾脏是药物排泄的主要途径。一般酸性药物在碱性尿中排泄较多；而碱发性药物在酸性尿中易于排出。这一规律可用于某些药物中毒的治疗：如苯巴比妥中毒，给予碳酸氢钠碱化尿液从而使苯巴比妥大量排出，用于解毒。除肾脏外，还可能过呼吸道、胆汁、乳腺、汗腺及粪便排泄。
药物相互作用主要表现在肾小管分泌和重吸收方面。肾小管分泌是一个主动转运过程，需要特殊的载体，即酸性药物和碱性药物载体。当两种酸性药物或碱性药物合用时，可相互竞争载体而出现竞争性抑制现象，从而使其中一种药物肾小管分泌减少，影响从肾脏排泄。如双香豆素降低氯磺丙脲的排泄，增高其血药浓度而发生低血糖反应等。
肾小管的重吸收是被动吸收，因此药物的解离度对其有重要影响。碱性尿液可增加巴比妥类、保泰松、磺胺类等药物的排泄；而酸性尿液可增加吗啡、抗组胺药、氨茶碱等药物的排泄。
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除了肝脏以外，药物代谢最常见的就肠道。有些药是在肠道中被吸收和代谢的。
