存疑不起诉三年了还能起诉，但前提是掌握了新的证据。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件，而作出的不起诉决定，是证据不足的不起诉，而不是绝对不起诉。
一、收到检察院的不起诉书是否就代表没事了
收到检察院的不起诉书不代表以后就没事了。只是我国主张的是疑罪从无，法院没有判决，不会有犯罪记录的，检察院不起诉的案子一般都是可以不追究刑事责任或者证据不足的案子。不起诉决定书是指人民检察院对侦查终结的刑事案件经审查后，认为依法不应追究犯罪嫌疑人的刑事责任、不需要判处刑罚或免除刑罚的或者经退回补充侦查仍证据不足的，作出不将犯罪嫌疑人移送人民法院进行审判的决定时所制作的法律文书。适用不起诉决定的案件主要有以下三种情况：
1、对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定；
2、有下列情形之一的也不起诉：
（1）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（2）犯罪已过追诉时效期限的；
（3）经特赦令免除刑罚的；
（4）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（5）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（6）其他法律规定免予追究刑事责任的。
3、依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
二、不起诉是不是就代表没事了
检察院在什么情况下不起诉，是很多人比较关心的问题。今天，我向大家介绍一下检察院不起诉的条件。不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和存疑不起诉，三种。
1、法定不起诉又称绝对不起诉。法定不起诉的适用条件：1、没有犯罪事实2、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的3、犯罪已过追诉时效期限的4、经特赦令免除刑罚的5、依照《刑法》告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的6、犯罪嫌疑人、被告人死亡的7其他法律规定免予追究刑事责任的。
2、酌定不起诉又称相对不起诉，是指犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照《刑法》规定不需要判处刑罚或者免除《刑法》处罚的案件。同时具备两个条件：1、构成犯罪，但是情节轻微，危害不大2、不需要判处刑罚或免除《刑法》的。
3、存疑不起诉又称证据不足的不起诉，是指对于经过二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
【本文关联的相关法律依据】
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百八十八条
人民检察院发现不起诉决定确有错误，符合起诉条件的，应当撤销不起诉决定，提起公诉。
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百八十九条
最高人民检察院对地方各级人民检察院的起诉、不起诉决定，上级人民检察院对下级人民检察院的起诉、不起诉决定，发现确有错误的，应当予以撤销或者指令下级人民检察院纠正。