存疑不起诉的还可以起诉，但前提是掌握了新的证据。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件，而作出的不起诉决定，是证据不足的不起诉，而不是绝对不起诉。
一、证据不足不予起诉申诉期限是多久
一般情况下，被害人可以在收到不起诉决定书之日起七日内向上一级检察院提出上诉。在经过人民检察院审查后，案件证据不足的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。如果第二次的补充侦查，检察院还是认为证据不足，不符合起诉条件的，应该作出不起诉决定。经过公安机关侦查，结束的案件应该要做到犯罪事实清楚，证据确实。
二、行政案件证据不足的案子怎么处理
在侦查阶段，依据《刑事诉讼法》的规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。在审查起诉阶段，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。在审判阶段，在人民法院宣告判决前，人民检察院发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。对于撤回起诉的案件，人民检察院应当在撤回起诉后三十日以内作出不起诉决定。
三、没证据证明强奸未遂该怎么办
强奸未遂没找到确凿证据的话通常只能存疑不起诉。刑事案件定罪量刑的证据应当确实充分，经补充侦查后仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。我国相关法律规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚;没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
【本文关联的相关法律依据】
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百八十八条
人民检察院发现不起诉决定确有错误，符合起诉条件的，应当撤销不起诉决定，提起公诉。
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百八十九条
最高人民检察院对地方各级人民检察院的起诉、不起诉决定，上级人民检察院对下级人民检察院的起诉、不起诉决定，发现确有错误的，应当予以撤销或者指令下级人民检察院纠正。