三色堇的花期为4到7月。 三色堇的花大,直径约3、5到6厘米,每个茎上有3到10朵花,通常有紫、白、黄三色;花梗稍粗、单生叶腋,上部具2枚对生的小苞片,小苞片极小,卵状三角形;萼片绿色,长圆状披针形,长1、2到2、2厘米,宽3到5毫米,先端尖、边缘狭膜质、基部附属物发达;三色堇上方花瓣深紫堇色状三角形;萼片绿色,长圆状披针形,长1、2到2、2厘米,宽3到5毫米,先端尖、边缘狭膜质、基部附属物发达;三色堇上方花瓣深紫堇色,侧方及下方花瓣均为三色,有紫色条纹;侧方花瓣里面基部密被须毛,下方花瓣距较细,长5到8毫米;子房无毛,花柱短,基部明显膝曲,柱头膨大,呈球状,前方具较大的柱头孔。
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