后期入股资金应当按照如下的分配办法处理：1、一般是可根据实缴的出资比例分取红利；2、可以优先按照实缴的出资比例认缴新增的出资；3、全体股东另有约定的除外，按其约定进行分配。
《中华人民共和国公司法》第三十四条股东按照实缴的出资比例分取红利;公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。