(12)发明专利申请
(10)申请公布号 CN 107073121 A(43)申请公布日 2017.08.18
(21)申请号 201580036971.4(22)申请日 2015.06.12(30)优先权数据
62/012,116 2014.06.13 US(85)PCT国际申请进入国家阶段日
2017.01.06(86)PCT国际申请的申请数据
PCT/US2015/035531 2015.06.12(87)PCT国际申请的公布数据
WO2015/191986 EN 2015.12.17(71)申请人 基因泰克公司
地址 美国加利福尼亚州
(72)发明人 R·M·尼夫 N·A·东佩
T·R·威尔森 J·赛特曼
权利要求书3页 说明书48页 附图20页
(74)专利代理机构 北京坤瑞律师事务所 11494
代理人 岑晓东(51)Int.Cl.
A61K 45/06(2006.01)A61K 31/437(2006.01)A61K 31/4523(2006.01)A61K 31/519(2006.01)A61K 31/553(2006.01)A61P 35/00(2006.01)
(54)发明名称
治疗及预防癌症药物抗性的方法(57)摘要
本文提供了使用MEK拮抗剂治疗如癌症等病理病症的组合疗法。
CN 107073121 ACN 107073121 A
权 利 要 求 书
1/3页
1.一种治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)FGFR信号传导拮抗剂和(b)MEK拮抗剂。
2.如权利要求1所述的方法,其中所述FGFR信号传导拮抗剂和所述MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对所述MEK拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对所述MEK拮抗剂的抗性的发生。
3.如权利要求1所述的方法,其中所述FGFR信号传导拮抗剂和所述MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对所述MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对所述MEK拮抗剂的敏感性。
4.一种处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向所述个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的所述MEK拮抗剂。
5.一种治疗个体的对MEK拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的所述MEK拮抗剂。
6.一种增加对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的所述MEK拮抗剂。
7.一种增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
8.一种延迟和/或防止个体的癌症对MEK拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
9.一种治疗对MEK拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
10.一种增加癌症个体对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
11.一种延长癌症个体对MEK拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
12.一种延长癌症个体对MEK拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
13.如权利要求1至12中任一项所述的方法,其中所述癌症选自肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC))、乳癌及黑素瘤。
14.如权利要求1至13中任一项所述的方法,其中所述癌症经历上皮细胞-间充质转型。15.如权利要求1至14中任一项所述的方法,其中所述FGFR信号传导拮抗剂是抗体抑制剂、小分子抑制剂、结合多肽抑制剂和/或多聚核苷酸拮抗剂。
16.如权利要求1至15中任一项所述的方法,其中所述FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。
17.如权利要求1至15中任一项所述的方法,其中所述FGFR1信号传导拮抗剂结合至FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10中的一种或多种。
18.如权利要求15至17中任一项所述的方法,其中所述FGFR信号传导拮抗剂是结合多肽抑制剂,并且所述结合多肽抑制剂包含FGFR细胞外结构域中连接至Fc的区域。
19.如权利要求15至17中任一项所述的方法,其中所述FGFR信号传导抑制剂是小分子,并且所述小分子是N-[2-[[4-(二乙基氨基)丁基]氨基]-6-(3,5-二甲氧基苯基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基]-N′-(1,1-二甲基乙基)-脲或其药学上可接受的盐。
2
CN 107073121 A
权 利 要 求 书
2/3页
20.如权利要求1至19中任一项所述的方法,其中所述MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。21.如权利要求1至19中任一项所述的方法,其中所述MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。22.如权利要求1至19中任一项所述的方法,其中所述MEK拮抗剂是MEK1/2抑制剂。23.如权利要求1至19中任一项所述的方法,其中所述MEK拮抗剂是克比替尼。24.一种治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)PIK3拮抗剂和(b)MEK拮抗剂。
25.如权利要求24所述的方法,其中所述PIK3拮抗剂和所述MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对所述MEK拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对所述MEK拮抗剂的抗性的发生。
26.如权利要求24所述的方法,其中所述PIK3拮抗剂和所述MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对所述MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对所述MEK拮抗剂的敏感性。
27.一种处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向所述个体施用有效量的PIK3拮抗剂和有效量的所述MEK拮抗剂。
28.一种治疗个体的对MEK拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的PIK3拮抗剂和有效量的所述MEK拮抗剂。
29.一种增加对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的PIK3拮抗剂和有效量的所述MEK拮抗剂。
30.一种增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
31.一种延迟和/或防止个体的癌症对MEK拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
32.一种治疗对MEK拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
33.一种增加癌症个体对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
34.一种延长癌症个体对MEK拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
35.一种延长癌症个体对MEK拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的所述MEK拮抗剂。
36.如权利要求24至35中任一项所述的方法,其中所述癌症选自肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC))、乳癌及黑素瘤。
37.如权利要求24至36中任一项所述的方法,其中所述癌症经历上皮细胞-间充质转型。
38.如权利要求24至37中任一项所述的方法,其中所述PIK3拮抗剂是抗体抑制剂、小分子抑制剂、结合多肽抑制剂和/或多聚核苷酸拮抗剂。
39.如权利要求24至38中任一项所述的方法,其中所述PIK3拮抗剂是GDC-0032。40.如权利要求24至39中任一项所述的方法,其中所述MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。41.如权利要求24至39中任一项所述的方法,其中所述MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。42.如权利要求24至39中任一项所述的方法,其中所述MEK拮抗剂是MEK1/2抑制剂。43.如权利要求24至39中任一项所述的方法,其中所述MEK拮抗剂是克比替尼。
3
CN 107073121 A
权 利 要 求 书
3/3页
44.如权利要求1至43中任一项所述的方法,其中所述方法另外包括B-raf拮抗剂。45.如权利要求44所述的方法,其中所述B-raf拮抗剂是威罗非尼。46.如权利要求1至45中任一项所述的方法,其中所述FGFR信号传导拮抗剂与所述MEK拮抗剂提供协同作用。
4
CN 107073121 A
说 明 书
治疗及预防癌症药物抗性的方法
1/48页
相关申请的交叉参考
[0002]本申请涉及并依据35U.S.C.119要求2014年6月13日提交的美国临时申请号62/012,116的优先权益。该临时申请的内容以引用的方式整体并入本文中。[0003]领域
[0004]本文提供了使用FGFR信号传导拮抗剂治疗如癌症等病理病症的组合疗法。[0005]背景
[0006]癌症一直是人类健康的最致命威胁之一。在美国,每年有近一百三十万新增癌症患者,而且癌症是继心脏病之后第二大导致死亡的原因,每4例死亡中就有近1例。举例来说,乳癌是癌症的第二常见形式并且在引起美国妇女死亡的癌症中排名第二。另据预测,癌症在5年内可能超过心血管疾病成为排名第一的死亡原因。实体肿瘤是这些死亡病例中大部分的原因。尽管在某些癌症的医学治疗方面已经取得显著进步,但在过去20年里,所有癌症的总体5年存活率仅提高约10%。癌症或恶性肿瘤会转移并以一种不受控制的方式迅速生长,使得及时检测和治疗相当困难。
[0007]蛋白质激酶(PK)是癌症治疗的标靶。其是通过从ATP转移末端(γ)磷酸酯催化在蛋白质的酪氨酸、丝氨酸和苏氨酸残基上的羟基磷酸化的酶。通过信号转导路径,这些酶调节细胞生长、分化及增殖,即,细胞寿命的实际上所有方面不管怎样均取决于PK活性(Hardie,G.和Hanks,S.(1995)The Protein Kinase Facts Book.I and II,Academic Press,San Diego,CA)。另外,异常PK活性与一系列病症有关,从如牛皮癣等相对不危及生命的疾病到如成胶质细胞瘤(脑癌)等致命性疾病。蛋白质激酶是治疗性调节的一类重要标靶(Cohen,P.(2002)Nature Rev.Drug Discovery 1:309)。[0008]MEK是使ERK 1和ERK 2上活化所需的酪氨酸和苏氨酸磷酸化的双特异性激酶。两个相关基因编码MEK1和MEK2,二者在与ERK的结合方面不同。HER3是能够被神经调节因子和NTAK结合和活化的受体酪氨酸激酶。EGFR是一种跨膜糖蛋白,并且是表皮生长因子家族成员的受体。
[0009]RAF抑制剂也被用于靶向如恶性黑素瘤等带有B-raf V600E突变的癌症;不过,其临床成果由于获得性抗性而受到抑制。[0010]然而,即使RAF和PK抑制剂被证实可有效治疗某些癌症,但相对较快的获得针对癌症药物的抗性仍是成功癌症疗法的一大阻碍。在阐明此类药物抗性的分子基础方面所作的努力披露了多种机制,包括药物流出、标靶的药物结合缺陷性突变体的获得、替代性存活路径的接合、表观遗传变化。另外,特定癌症对当前治疗(例如RAF和PK抑制剂)反应的程度不同。
[0011]因此,需要能成功解决癌细胞群内的异质性以及癌细胞对药物治疗的抗性的发生的新颖治疗方法。[0012]概述
[0013]已经确定,通过抑制MEK可以改善在体外和体内抑制癌细胞生长方面的作用。人们发现,例如,GDC-0973(即,克比替尼(cobimetinib))或GDC-0623,或其药学上可接受的盐,
5
[0001]
CN 107073121 A
说 明 书
2/48页
可以用于治疗性治疗过度增生性病症。不过,不同的过度增生性病症(例如癌症)对于如克比替尼等MEK抑制剂具有不同敏感性。因此,需要改善对MEK抑制剂的敏感性以治疗性治疗过度增生性病症。如本文所描述,FGFR信号传导拮抗剂与MEK拮抗剂的组合治疗可用于治疗过度增生性病症,如癌症。在某些实施方案中,施用这些组合可以提供协同作用。[0014]确切地说,本文提供治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)FGFR信号传导拮抗剂和(b)MEK拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性。[0015]本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。此外,本文还提供了治疗个体的对MEK拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。
[0016]本文提供了增加对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。[0017]本文还提供了增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。[0018]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0019]此外,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。[0020]本文提供了治疗对MEK拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。[0021]另外,本文提供了增加癌症个体对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。[0022]本文还提供了延长癌症个体对MEK拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。[0023]本文提供了延长癌症个体对EGFR拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。[0024]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗体抑制剂、小分子抑制剂、结合多肽抑制剂和/或多聚核苷酸拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是结合多肽抑制剂。在一些实施方案中,结合多肽抑制剂包含FGFR细胞外结构域连接至Fc结构域的区域(例如,FGFR细胞外结构域连接至免疫球蛋白铰链和Fc结构域的区
6
CN 107073121 A
说 明 书
3/48页
域)。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR2信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR3信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR4信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗体。
[0025]在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在一些实施方案中,所述小分子是N-[2-[[4-(二乙基氨基)丁基]氨基]-6-(3,5-二甲氧基苯基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基]-N′-(1,1-二甲基乙基)-脲或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中,该小分子是BGJ398(Novartis)、AZD4547(AstraZeneca)和/或FF284(Chugai/Debiopharm(Debio 1347)。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGF2抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1-IIIb抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1-IIIc抗体。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是能够结合超过一个FGFR多肽的抗FGFR抗体。[0026]在所述方法中任一种的一些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1拮抗剂。在所述方法中任一种的一些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2拮抗剂。在所述方法中任一种的一些实施方案中,MET拮抗剂是MEK1和MEK2拮抗剂。[0027]在某些实施方案中,MEK拮抗剂是GDC-0973(即,克比替尼)或GDC-0623,或其药学上可接受的盐。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是克比替尼。[0028]MEK拮抗剂与FGFR信号传导拮抗剂可以同时施用。MEK拮抗剂与FGFR信号传导拮抗剂可以依序施用。在一些实施方案中,MEK拮抗剂是在FGFR信号传导拮抗剂之前施用。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是在MEK拮抗剂之前施用。[0029]在一些实施方案中,已经显示患者的癌症表达MEK生物标记物。在一些实施方案中,已经显示患者的癌症表达MEK1生物标记物。在一些实施方案中,已经显示患者的癌症表达MEK2生物标记物。在一些实施方案中,已经显示患者的癌症表达MEK1和MEK2生物标记物。[0030]在一些实施方案中,已经显示患者的癌症表达B-raf生物标记物。B-raf生物标记物可以是突变体B-raf。突变体B-raf是组成性活化的B-raf。在一些实施方案中,突变体B-raf是B-raf V600。B-raf V600可以是B-raf V600E。突变体B-raf的非限制性示例性列表是:B-raf V600K(GTG>AAG)、V600R(GTG>AGG)、V600E(GTG>GAA)和/或V600D(GTG>GAT)。在一些实施方案中,检测突变体B-raf多肽。在一些实施方案中,检测突变体B-raf核酸。“V600E”是指B-RAF(T>A)中在第1799位核苷酸处引起B-raf的第600位氨基酸处的谷氨酰胺被缬胺酸取代的突变。根据先前的编号系统(Kumar等人,Clin.Cancer Res.9:3362-3368,2003),“V600E”又称“V599E”(1796T>A)。[0031]在一些实施方案中,已经显示患者的癌症表达MEK和B-raf生物标记物。[0032]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)PI3K拮抗剂和(b)MEK拮抗剂。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)
7
CN 107073121 A
说 明 书
4/48页
PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性。
[0033]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。此外,本文还提供了治疗个体的对MEK拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。[0034]在特定实施方案中,本文提供了增加对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。
[0035]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。
[0036]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0037]在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0038]在特定实施方案中,本文提供了治疗对MEK拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0039]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0040]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0041]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0042]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)PI3K拮抗剂和(b)MEK1拮抗剂。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK1拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK1拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效增加包括MEK1拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK1拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK1拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK1拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK1拮抗剂的敏感性。
8
CN 107073121 A[0043]
说 明 书
5/48页
在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对
用MEK1拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK1拮抗剂。此外,本文还提供了治疗个体的对MEK1拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK1拮抗剂。[0044]在特定实施方案中,本文提供了增加对MEK1拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK1拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK1拮抗剂。
[0045]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括MEK1拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂和(b)有效量的MEK1拮抗剂。
[0046]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1拮抗剂和(b)有效量的MEK1拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK1拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0047]在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK1拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0048]在特定实施方案中,本文提供了治疗对MEK1拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0049]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对MEK1拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0050]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK1拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0051]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK1拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0052]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)PI3K拮抗剂和(b)MEK2拮抗剂。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK2拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK2拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效增加包括MEK2拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK2拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK2拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK2拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK2拮抗剂的敏感性。
[0053]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK2拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK2拮抗剂。此外,本文还提供了治疗个体的对MEK2拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK2拮抗剂。
9
CN 107073121 A[0054]
说 明 书
6/48页
在特定实施方案中,本文提供了增加对MEK2拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK2拮
抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK2拮抗剂。
[0055]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括MEK2拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂。
[0056]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK2拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK2拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0057]在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK2拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0058]在特定实施方案中,本文提供了治疗对MEK2拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0059]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对MEK2拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0060]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK2拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0061]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK2拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0062]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)PI3K拮抗剂和(b)MEK1/2拮抗剂。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK1/2拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK1/2拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK1/2拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK1/2拮抗剂各自的量有效增加包括MEK1/2拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK1/2拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和MEK1/2拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK1/2拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和MEK1/2拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和MEK1/2拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK1/2拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK1/2拮抗剂的敏感性。[0063]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK1/2拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK1/2拮抗剂。此外,本文还提供了治疗个体的对MEK1/2拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK1/2拮抗剂。[0064]在特定实施方案中,本文提供了增加对MEK1/2拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK1/2拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK1/2拮抗剂。
[0065]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括MEK1/2拮抗剂的癌症治疗在个体中的
10
CN 107073121 A
说 明 书
7/48页
功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂。
[0066]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1/2拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK1/2拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0067]在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK1/2拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1/2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0068]在特定实施方案中,本文提供了治疗对MEK1/2拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1/2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0069]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对MEK1/2拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1/2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0070]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK1/2拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1/2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0071]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK1/2拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的MEK1/2拮抗剂和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0072]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)PI3K拮抗剂和(b)克比替尼。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和克比替尼各自的量有效增加癌症对克比替尼的敏感期和/或延迟癌症对克比替尼的抗性的发生。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和克比替尼各自的量有效增加包括克比替尼的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量克比替尼而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和克比替尼各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量克比替尼而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂和克比替尼各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂和克比替尼各自的量有效增加癌症对克比替尼的敏感性和/或恢复对克比替尼的敏感性。[0073]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用克比替尼进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的克比替尼。此外,本文还提供了治疗个体的对克比替尼具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的克比替尼。[0074]在特定实施方案中,本文提供了增加对克比替尼的敏感性和/或恢复对克比替尼的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的克比替尼。
[0075]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括克比替尼的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂和(b)有效量的克比替尼。[0076]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的克比替尼和(b)有效量的克比替尼,其中相较于包括施用有效量的克比替尼而不施用(不存在)PI3K拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。
11
CN 107073121 A[0077]
说 明 书
8/48页
在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对克比替尼产生抗性
的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的克比替尼和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0078]在特定实施方案中,本文提供了治疗对克比替尼产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的克比替尼和(b)有效量的PI3K拮抗剂。
[0079]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对克比替尼的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的克比替尼和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0080]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对克比替尼的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的克比替尼和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0081]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对克比替尼的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的克比替尼和(b)有效量的PI3K拮抗剂。[0082]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)FGFR拮抗剂和(b)MEK1拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK1拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK1拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效增加包括MEK1拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK1拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK1拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK1拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK1拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK1拮抗剂的敏感性。[0083]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK1拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK1拮抗剂。此外,本文还提供了治疗个体的对MEK1拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK1拮抗剂。[0084]在特定实施方案中,本文提供了增加对MEK1拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK1拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK1拮抗剂。
[0085]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括MEK1拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR拮抗剂和(b)有效量的MEK1拮抗剂。
[0086]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK1拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0087]在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK1拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1拮抗剂。
[0088]在特定实施方案中,本文提供了治疗对MEK1拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量
12
CN 107073121 A
说 明 书
9/48页
的MEK1拮抗剂。
[0089]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对MEK1拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1拮抗剂。
[0090]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK1拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1拮抗剂。
[0091]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK1拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1拮抗剂。
[0092]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)FGFR拮抗剂和(b)MEK2拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK2拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK2拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效增加包括MEK2拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK2拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK2拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK2拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK2拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK2拮抗剂的敏感性。[0093]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK2拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK2拮抗剂。此外,本文还提供了治疗个体的对MEK2拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK2拮抗剂。[0094]在特定实施方案中,本文提供了增加对MEK2拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK2拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK2拮抗剂。
[0095]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括MEK2拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂。
[0096]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK2拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0097]在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK2拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂。
[0098]在特定实施方案中,本文提供了治疗对MEK2拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂。
13
CN 107073121 A[0099]
说 明 书
10/48页
在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对MEK2拮抗剂的敏感性的方法,
所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂。
[0100]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK2拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂。
[0101]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK2拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK2拮抗剂。
[0102]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)FGFR拮抗剂和(b)MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)各自的量有效增加癌症对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的敏感期和/或延迟癌症对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的抗性的发生。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)各自的量有效增加包括MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR拮抗剂和MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)各自的量有效使功效增加。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR拮抗剂和MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)各自的量有效增加癌症对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的敏感性和/或恢复对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的敏感性。[0103]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。此外,本文还提供了治疗对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)具有抗性的个体癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。
[0104]在特定实施方案中,本文还提供了增加对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的敏感性和/或恢复对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的敏感性的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。
[0105]在特定实施方案中,本文还提供了增加个体对包含MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的癌症治疗的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。[0106]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂),其中相较于包括施用有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)而不施用(不存在)FGFR信
14
CN 107073121 A
说 明 书
11/48页
号传导拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0107]在特定实施方案中,本文还提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。[0108]在特定实施方案中,本文还提供了治疗对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。[0109]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。[0110]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。[0111]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK1/2拮抗剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。[0112]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)FGFR拮抗剂和(b)克比替尼。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和克比替尼各自的量有效增加癌症对克比替尼的敏感期和/或延迟癌症对克比替尼的抗性的发生。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和克比替尼各自的量有效增加包括克比替尼的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量克比替尼而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR拮抗剂和克比替尼各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量克比替尼而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR拮抗剂和克比替尼各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,FGFR拮抗剂和克比替尼各自的量有效增加癌症对克比替尼的敏感性和/或恢复对克比替尼的敏感性。
[0113]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用克比替尼进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的克比替尼。此外,本文还提供了治疗个体的对克比替尼具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的克比替尼。[0114]在特定实施方案中,本文提供了增加对克比替尼的敏感性和/或恢复对克比替尼的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的FGFR拮抗剂和有效量的克比替尼。
[0115]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括克比替尼的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR拮抗剂和(b)有效量的克比替尼。[0116]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的克比替尼,其中相较于包括施用有效量的克比替尼而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。[0117]在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对克比替尼产生抗性
15
CN 107073121 A
说 明 书
12/48页
的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的克比替尼。
[0118]在特定实施方案中,本文提供了治疗对克比替尼产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的克比替尼。
[0119]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对克比替尼的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的克比替尼。[0120]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对克比替尼的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的克比替尼。[0121]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对克比替尼的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的克比替尼拮抗剂。
[0122]在特定实施方案中,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)PI3K拮抗剂、(b)FGFR信号传导拮抗剂及(c)MEK拮抗剂。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂各自的量有效增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂和/或FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂各自的量有效使功效增加。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂和/或FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,PI3K拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,PI3K拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性。[0123]在特定实施方案中,本文还提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂。此外,本文还提供了治疗个体的对MEK拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂。
[0124]在特定实施方案中,本文提供了增加对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向所述个体施用有效量的PI3K拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂。
[0125]在特定实施方案中,本文还提供了增加包括MEK2拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂、(b)有效量的FGFR信号传导拮抗剂及(c)有效量的MEK拮抗剂。
[0126]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂、(b)有效量的FGFR信号传导拮抗剂及(c)有效量的MEK拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK拮抗剂而不施用(不存在)PI3K拮抗剂和/或FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。
16
CN 107073121 A[0127]
说 明 书
13/48页
在特定实施方案中,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK拮抗剂产生抗性
的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂、(b)有效量的FGFR信号传导拮抗剂及(c)有效量的MEK拮抗剂。[0128]在特定实施方案中,本文提供了治疗对MEK拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂、(b)有效量的FGFR信号传导拮抗剂及(c)有效量的MEK拮抗剂。[0129]在特定实施方案中,本文还提供了增加癌症个体对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂、(b)有效量的FGFR信号传导拮抗剂及(c)有效量的MEK拮抗剂。
[0130]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂、(b)有效量的FGFR信号传导拮抗剂及(c)有效量的MEK拮抗剂。
[0131]在特定实施方案中,本文还提供了延长癌症个体对MEK拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂、(b)有效量的FGFR信号传导拮抗剂及(c)有效量的MEK拮抗剂。
[0132]在以上实施的方法中的任一种中,MEK抑制剂是MEK1、MEK2或MEK1/2抑制剂(即,MEK1和MEK2的抑制剂)。在以上实施的方法中的任一种中,MEK抑制剂是GDC-0793(克比替尼)。在以上实施的方法中的任一种中,PI3K抑制剂是GDC-0032。在以上实施的方法中的任一种中,FGFR信号传导抑制剂是泛抑制剂(例如BGJ398)或FGF1特异性拮抗剂。[0133]在一些实施方案中,所述方法包括施用第三或第四化学治疗剂。在某些实施方案中,该第三或第四化学治疗剂是B-raf拮抗剂。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:索拉非尼(sorafenib)、PLX4720、PLX-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、威罗非尼(vemurafenib)、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在其它实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼。在其它实施方案中,B-raf拮抗剂是GSK 2118436。B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在这些方法中任一种的具体实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(Daiichi Sankyo)。
[0134]在这些方法中任一种的具体实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗体抑制剂、小分子抑制剂、结合多肽抑制剂和/或多聚核苷酸拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是结合多肽抑制剂。在一些实施方案中,结合多肽抑制剂包含FGFR细胞外结构域连接至Fc结构域的区域(例如,FGFR细胞外结构域连接至免疫球蛋白铰链和Fc结构域的区域)。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗体。
[0135]在具体实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFRb、FGFRc、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在一些实施方案中,小分子是N-[2-[[4-(二乙基氨基)丁基]氨基]-6-(3,5-二甲氧基苯基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基]-N′-(1,1-二甲基乙基)-脲或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中,该小分子是BGJ398(Novartis)、AZD4547(AstraZeneca)和/或FF284(Chugai/Debiopharm(Debio 1347))。[0136]在具体实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗FGFR抗体。
17
CN 107073121 A[0137]
说 明 书
14/48页
在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂仅结合至和/或抑制FGFR。
[0138]在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗FGFR-IIIb抗体。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗FGFR-IIIc抗体。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是能够结合超过一个FGFR多肽的抗FGFR抗体。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是特异性结合FGFR并且不结合任何其它FGFR多肽的抗FGFR抗体。[0139]MEK拮抗剂、可选的第三或第四化学治疗剂,以及FGFR信号传导拮抗剂可以同时施用。MEK拮抗剂、可选的第三或第四化学治疗剂,以及FGFR信号传导拮抗剂可以依序施用。在一些实施方案中,MEK拮抗剂是在FGFR信号传导拮抗剂之前施用。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是在MEK拮抗剂之前施用。
[0140]在这些方法中任一种的一些实施方案中,癌症是肺癌。在一些实施方案中,癌症是NSCLC。在一些实施方案中,癌症是乳癌。在一些实施方案中,癌症是HER2+乳癌。在一些实施方案中,癌症经历上皮细胞-间充质转型。
[0141]在这些方法中任一种的一些实施方案中,癌症是肺癌。在一些实施方案中,癌症是NSCLC。在一些实施方案中,肺癌是乳癌。在一些实施方案中,肺癌是HER2+乳癌。在一些实施方案中,癌症经历上皮细胞-间充质转型。[0142]附图简述
[0143]图1A-D.|由肿瘤细胞和/或肿瘤微环境分泌的因子通过活化细胞表面受体而引起药物抗性。A,在十个黑素瘤细胞系内分泌的一组447个因子揭露FGF、HGF、NRG1及EGF引起对B-raf和MEK拮抗剂的抗性。B,如黑素瘤细胞系中所示,FGF2、HGF及NRG1最广泛地并且有效地保护肿瘤细胞免受针对B-raf拮抗剂和MEK拮抗剂的抗性影响(R=50-100%保护率;PR=25-50%保护率)。C,靶向Met、FGFR及ERBB受体的小分子抑制剂显示,配体介导的抗性对同源受体具有特异性。D,促进针对PLX4032的抗性的分泌的生长因子再活化MAPK和PI3K路径。在PLX4032存在下,在624个MEL细胞中显示FGF2对MAPK的活化、HGF对MAPK及AKT的活化以及NRG1和SGF对AKT的活化。用5μM PLX4032处理24小时,并且用50ng.mL FGF2、HGF、NRGB1或SCF处理10分钟。
[0144]图2A-D.|B-raf下游MEK/ERK的再活化是B-raf突变体黑素瘤中抗性的核心机制。A,如免疫印迹所示,FGF2介导的抗性是MAPK信号传导所需的。如免疫印迹中所指示,MAPK信号传导再活化是RTK介导的抗性的共同特征,其中FGF2介导的保护作用在PLX4032(威罗非尼)存在下活化MEK和ERK。B,显示RAF1(C-raf)活化的免疫印迹表明,添加RAF家族成员可以介导MAPK再活化。C,利用合成致死性化学筛选鉴别12种获得性抗性黑素瘤细胞系中介导对PLX4032的抗性的信号传导路径。表中显示了当用MEK抑制剂和ERK抑制剂共同处理时对PLX4032的敏感性的变化,表明B-raf下游路径的再活化。D,图2C中所示的对特定细胞系进行的合成致死性化学筛选的实例。
[0145]图3A-C.|独立于MAPK和PI3K的促存活机制促进B-RAF突变体黑素瘤的药物抗性。A和B,小分子筛选鉴别出COLO800和UACC-62细胞中的SRC家族活化。另外,通过抑制PI3K信号传导使展现SRC依赖性抗性的细胞系再敏化。C,鉴别出抗细胞凋亡路径的成员BCL-XL和BCL-2。如图所示获得对PLX4032的抗性的G-361细胞对BCL-XL和BCL-2抑制剂具有抗性,但对PLX4032和MEKi(GDC-0973)具有抗性的G-361细胞系变体对BCL-XL和BCL-2抑制剂敏感。[0146]图4A-C.|LOX-IMVI通过FGFR介导的机制而对PLX4032产生抗性。A,经显示LOX-18
CN 107073121 A
说 明 书
15/48页
IMVI vemR(威罗非尼抗性细胞系)依赖FGFR活性。B,对FGFR抑制剂产生抗性的LOX-IMVI vemR细胞变得依赖EGFR活性。B和C,对FGFR和EGFR抑制剂产生抗性的LOX-IMVI vemR细胞显示在MET和MEK抑制剂存在下再敏化,同时分泌的HGF增加。
[0147]图5A-C.|对10个黑素瘤细胞系和10个乳癌细胞系进行筛选以测定FGF信号传导在药物抗性中的作用。A和B,在黑素瘤和乳癌细胞系中观察到稳健的z评分。C,FGF受体、其亚家族及其配体的概述。
[0148]图6A-B.|FGF2使关键信号传导路径再活化以促进抗性并且刺激下游信号传导的持续活化。A,暴露于FGF2达10分钟的细胞与未暴露的细胞的免疫印迹的比较。B,暴露于FGF2达24小时的细胞与未暴露于FGF2的细胞的免疫印迹的比较。
[0149]图7A-C.|FGF分泌的因子介导黑素瘤细胞系中信号传导的动力学。A,将细胞系用PLX4032(威罗非尼)处理4小时并用FGF处理10分钟。B,将624MEL细胞系用PLX4032处理24小时并用FGF处理24小时。C,将928MEL细胞系用PLX4032处理24小时并用FGF处理24小时。[0150]图8A-B.|FGFR靶向有效阻断FGF2保护作用。A,下游路径的有效阻断通常不能克服FGF2的保护作用。B,用拉帕替尼(lapatinib)、MEKi、SMI及FGF-2处理的AU565细胞的免疫印迹(在HCC1954和UACC-893细胞系中也观察到类似结果)。
[0151]图9A-B.|获得性抗性的其它机制包括对ERK/MEK抑制剂敏感(A)及对ERK/MEK抑制剂不敏感(B)。
[0152]图10A-B.|在获得性药物抗性模型中明显可见分泌因子介导的抗性机制。A,单药耐药性细胞系的表。B,由抗性筛选预测的抗性机制的连续获得的证据。[0153]图11.|在CHL-1黑素瘤细胞上进行药物筛选。将细胞用DMSO(对照)、GDC-0973(即,克比替尼)、GDC-0032(PI3K-α抑制剂)、BFJ-398(泛FGFR抑制剂)、GDC-0973和GDC-0032,或GDC-0973和BGJ-398处理。结果显示组合治疗GDC-0973/GDC-0032和GDC-0973/BGJ398的增加的功效。
[0154]图12.|在Hs 839.T黑素瘤细胞上进行的药物筛选。将细胞用DMSO(对照)、GDC-0973(即,克比替尼)、GDC-0032(PI3K-α抑制剂)、BFJ-398(泛FGFR抑制剂)、GDC-0973和GDC-0032,或GDC-0973和BGJ-398处理。结果显示组合治疗GDC-0973/GDC-0032和GDC-0973/BGJ398的增加的功效。[0155]图13.|在Hs 895.T正常皮肤成纤维细胞上进行的药物筛选。将细胞用DMSO(对照)、GDC-0973(即,克比替尼)、GDC-0032(PI3K-α抑制剂)、BFJ-398(泛FGFR抑制剂)、GDC-0973和GDC-0032,或GDC-0973和BGJ-398处理。结果显示组合治疗GDC-0973/GDC-0032和GDC-0973/BGJ398的增加的功效。[0156]图14.|单药抗性SK MEL 24 VemR(对威罗非尼具有抗性的SK MEL 24细胞)用威罗非尼(即,PLX4032)、BGJ398和/或克比替尼(即,GDC-0973)处理。接着对细胞进行加工并且通过Western印迹法检测FGFR1、pAKT、pMEK、pERK、PARP、pBAD、BIM及β肌动蛋白(对照)检测。[0157]图15A-D.|产生针对威罗非尼和克比替尼具有双药抗性的细胞系(“G361 RR”)并进行BLC2/XL抑制剂筛选,由此显示G361 RR细胞对BLC-2/XL抑制剂更敏感。A,对未用威罗非尼处理的G361细胞(亲本细胞,非威罗非尼或克比替尼抗性)、未用威罗非尼处理的G361 VemR细胞(对威罗非尼具有单药抗性的G361细胞)及在BCL-XL抑制剂存在下用威罗非尼处理的G361 VemR细胞进行活力研究。B,对未用威罗非尼或MEK抑制剂处理的G361细胞、未用
19
CN 107073121 A
说 明 书
16/48页
威罗非尼或MEK抑制剂处理的G361 RR细胞及在BCL-XL抑制剂存在下用威罗非尼和MEK抑制剂处理的G361 RR细胞进行活力研究。C,对未用威罗非尼处理的G361细胞(亲本细胞,非威罗非尼或克比替尼抗性)、未用威罗非尼处理的G361 VemR细胞(对威罗非尼具有单药抗性的G361细胞)及在BCL-XL/BCL-2抑制剂存在下用威罗非尼处理的G361 VemR细胞进行活力研究。D,对未用威罗非尼或MEK抑制剂处理的G361细胞、未用威罗非尼或MEK抑制剂处理的G361 RR细胞及在BCL-XL/BCL-2抑制剂存在下用威罗非尼和MEK抑制剂处理的G361 RR细胞进行活力研究。[0158]详细说明[0159]I.定义
[0160]所关注多肽的“拮抗剂”(与“抑制剂”可互换使用)是干扰所关注多肽的活化或功能,例如,部分或完全阻断、抑制或中和由所关注多肽介导的生物活性的一种药剂。举例来说,多肽X的拮抗剂可以指部分或完全阻断、抑制或中和由多肽X介导的生物活性的任何分子。抑制剂的实例包括抗体;配体抗体;小分子拮抗剂;反义和抑制性RNA(例如shRNA)分子。优选抑制剂是结合至所关注多肽的抗体或小分子。在一个特定实施方案中,抑制剂对所关注多肽的结合亲和力(解离常数)是约1,000nM或更低。在另一实施方案中,抑制剂对所关注多肽的结合亲和力是约100nM或更低。在另一实施方案中,抑制剂对所关注多肽的结合亲和力是约50nM或更低。在一个特定实施方案中,抑制剂共价结合至所关注多肽。在一个特定实施方案中,抑制剂抑制所关注多肽的信号传导,并且IC50是1,000nM或更低。在另一实施方案中,抑制剂抑制所关注多肽的信号传导,并且IC50是500nM或更低。在另一实施方案中,抑制剂抑制所关注多肽的信号传导,并且IC50是50nM或更低。在某些实施方案中,拮抗剂将所关注多肽的表达水平或生物活性降低或抑制至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更高。在一些实施方案中,所关注多肽是FGFR受体(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)或FGF(例如FGF1-23)。在一些实施方案中,所关注多肽是EGFR。[0161]除非另作指示,否则如本文所使用,术语“多肽”是指来自任何脊椎动物来源,包括哺乳动物,如灵长类动物(例如人类)及啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的任何天然多肽。该术语涵盖“全长”未加工的多肽以及由在细胞中加工得到的任何多肽形式。该术语还涵盖该多肽的天然存在的变体,例如剪接变体或等位基因变体。[0162]“多聚核苷酸”或“核酸”在本文中可互换使用,指的是任何长度的核苷酸的聚合物,并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基,和/或其类似物,或者可以通过DNA或RNA聚合酶,或通过合成反应并入聚合物中的任何底物。多聚核苷酸可以包含修饰的核苷酸,如甲基化核苷酸及其类似物。如果存在,则对核苷酸结构的修饰可以在聚合物组装之前或之后进行。核苷酸序列可以间杂有非核苷酸组分。多聚核苷酸可以在合成后,如通过偶联标记进一步进行修饰。其它类型的修饰包括例如,“加帽”;一个或多个天然存在的核苷酸被类似物取代;核苷酸间修饰,如例如具有不带电荷的键联(例如甲基膦酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯等)的修饰和具有带电荷的键联(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修饰;含有侧接部分,如例如蛋白质(例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚L-赖氨酸等)等的修饰;具有插入剂(例如吖啶、补骨脂素等)的修饰;含有螯合剂(例如金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的修饰;含有烷化剂的修饰;具有修饰的键联(例如α异头核酸等)的修饰;以及多聚核苷酸的未修饰形式。另外,最初存在于糖
20
CN 107073121 A
说 明 书
17/48页
中的任何羟基都可以例如被膦酸酯基、磷酸酯基置换;被标准保护基保护;或经过活化以与另外的核苷酸形成另外的键联;或者可以偶联至固体或半固体支撑物。5′和3′末端OH可以被磷酸化或者被胺或具有1至20个碳原子的有机加帽基团部分取代。其它羟基也可以被衍生为标准保护基。多聚核苷酸也可以含有本领域中一般已知的核糖或脱氧核糖的类似物形式,包括例如,2′-O-甲基-、2′-O-烯丙基、2′-氟-或2′-叠氮基-核糖、碳环糖类似物、α-异头碳糖、差向异构糖(如阿拉伯糖、木糖或来苏糖)、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖、无环类似物,及无碱基核苷类似物,如甲基核糖苷。一个或多个磷酸二酯键可以被替代性连接基团置换。这些替代性连接基团包括但不限于其中磷酸酯被P(O)S(“硫代磷酸酯”)、P(S)S(“二硫代磷酸酯”)、(O)NR2(“氨基磷酸酯”)、P(O)R、P(O)OR′、CO或CH2(“甲缩醛”)置换的实施方案,其中每个R或R′独立地是H或者任选含有醚(-O-)键联、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基的被取代或未被取代的烷基(1-20个C)。多聚核苷酸中的所有键联未必是相同的。前述说明适用于本文提到的所有多聚核苷酸,包括RNA和DNA。[0163]术语“小分子”是指分子量为约2000道尔顿或更低,优选为约500道尔顿或更低的任何分子。
[0164]“分离”的抗体是与其自然环境的组分分离的抗体。在一些实施方案中,如由例如电泳法(例如SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或色谱法(例如离子交换或逆相HPLC)所测,定抗体被纯化至大于95%或99%纯度。关于评估抗体纯度的方法的综述,参看例如Flatman等人,J.Chromatogr.B 848:79-87(2007)。[0165]术语“抗体”在本文中是以最广泛意义使用并且涵盖各种抗体结构,包括但不限于,单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)及抗体片段,只要其展现所希望的抗原结合活性即可。
[0166]术语抗所关注多肽的抗体和“结合至所关注多肽的抗体”是指这样一种抗体,该抗体能够以足够亲和力结合所关注多肽,使得该抗体可用作靶向所关注多肽的诊断剂和/或治疗剂。在一个实施方案中,如例如由放射免疫分析(RIA)所测量,抗所关注多肽的抗体与不相关的非所关注多肽的蛋白质的结合程度比该抗体与所关注多肽的结合低约10%。在某些实施方案中,结合至所关注多肽的抗体的解离常数(Kd)≤1μM,≤100nM,≤10nM,≤1nM,≤0.1nM,≤0.01nM,或≤0.001nM(例如,10-8M或更低,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13
M)。在某些实施方案中,抗所关注多肽的抗体结合至在来自不同物种的所关注多肽间都保留的所关注多肽的表位。在一些实施方案中,所关注多肽是FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)或FGF(例如FGF1-23)。在一些实施方案中,所关注多肽是EGFR。[0167]“阻断抗体”或“拮抗剂抗体”是抑制或降低所结合的抗原的生物活性的抗体。优选的阻断抗体或拮抗剂抗体基本上或完全抑制抗原的生物活性。[0168]“亲和力”是指一个分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合搭配物(例如抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另作指示,否则如本文所使用,“结合亲和力”是指反映结合对成员(例如抗体与抗原)之间的1∶1相互作用的固有结合亲和力。分子X对其搭配物Y的亲和力一般可以由解离常数(Kd)表示。可以通过本领域中已知的常用方法(包括本文所述的方法)测量亲和力。用于测量结合亲和力的具体说明性和示例性实施方案描述于下文中。
[0169]“抗体片段”是指不为完整抗体的分子,其包含完整抗体中结合完整抗体所结合的
21
CN 107073121 A
说 明 书
18/48页
抗原的一部分。抗体片段的实例包括但不限于,Fv、Fab、Fab′、Fab′-SH、F(ab′)2、双抗体、线性抗体、单链抗体分子(例如scFv)及由抗体片段形成的多特异性抗体。[0170]与参照抗体“结合至相同表位的抗体”是指在竞争分析中将参照抗体与其抗原的结合阻断50%或更高的抗体,而反之,参照抗体在竞争分析中将该抗体与其抗原的结合阻断50%或更高。[0171]术语“嵌合”抗体是指重链和/或轻链的一部分衍生自一种特定来源或物种,而该重链和/或轻链的其余部分衍生自不同来源或物种的抗体。[0172]术语“全长抗体”、“完整抗体”及“完全抗体”在本文中可互换使用,意指结构基本上类似于天然抗体结构或具有含Fc区的重链的抗体。[0173]如本文所使用,术语“单克隆抗体”是指由基本上同源的抗体群获得的抗体,即,构成该群的个别抗体除例如含有天然存在的突变或在单克隆抗体产生期间产生的可能变体抗体外为相同的和/或结合相同表位,此类变体一般以极少量存在。与典型地包括针对不同抗原决定基(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相对,单克隆抗体制剂的每一单克隆抗体是针对抗原上的单一抗原决定基。因此,修饰语“单克隆”指示抗体是从基本上均质的抗体群获得的性质,并且不应解释为需要通过任何特定方法产生该抗体。举例来说,根据本发明使用的单克隆抗体可以通过多种技术制造,包括但不限于,杂交瘤法、重组DNA法、噬菌体展示法,及利用含有人类免疫球蛋白基因座的全部或一部分的转基因动物的方法,用于制造单克隆抗体的此类方法及其它示例性方法。[0174]“人类抗体”是具有的氨基酸序列对应于由人类或人类细胞产生或来源于利用人类抗体谱系或其它人类抗体编码序列的非人类来源的抗体的氨基酸序列的抗体。该人类抗体定义特别排除了包含非人类抗原结合残基的人源化抗体。[0175]“人源化”抗体是指包含来自非人类HVR的氨基酸残基以及来自人类FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中,人源化抗体将包含基本上所有的至少一个并且典型地两个可变结构域,其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)与非人类抗体的HVR对应并且所有或基本上所有FR对应于人类抗体的FR。人源化抗体可以任选包含来源于人类抗体的抗体恒定区的至少一部分。抗体(例如非人类抗体)的“人源化形式”是指经历人源化的抗体。[0176]“免疫偶联物”是结合至一个或多个异源分子(包括但不限于细胞毒性剂)的抗体。[0177]“PLX4032”与“威罗非尼”在本文中可互换使用并且是指N-(3-{[5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]羰基}-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺。[0178]“B-raf活化”是指B-raf激酶的活化或磷酸化。一般来说,B-raf活化引起信号转导。
[0179]除非另作指示,否则如本文所使用,术语“B-raf”是指任何天然或变体(无论是天然还是合成的)B-raf多肽。术语“野生型B-raf”一般是指包含天然存在的B-raf蛋白的氨基酸序列的多肽。
[0180]如本文所使用,术语“B-raf变体”是指在天然B-raf序列中包括一个或多个氨基酸突变的B-raf多肽。任选地,该一个或多个氨基酸突变包括氨基酸取代。[0181]“B-raf拮抗剂”(可互换地称为“B-raf抑制剂”)是干扰B-raf活化或功能的一种药剂。在一个特定实施方案中,B-raf抑制剂对B-raf的结合亲和力(解离常数)是约1,000nM或更低。在另一实施方案中,B-raf抑制剂对B-raf的结合亲和力是约100nM或更低。在另一实
22
CN 107073121 A
说 明 书
19/48页
施方案中,B-raf抑制剂对B-raf的结合亲和力是约50nM或更低。在另一实施方案中,B-raf抑制剂对B-raf的结合亲和力是约10nM或更低。在另一实施方案中,B-raf抑制剂对B-raf的结合亲和力是约1nM或更低。在一个特定实施方案中,B-raf抑制剂抑制B-raf信号传导,并且IC50是1,000nM或更低。在另一实施方案中,B-raf抑制剂抑制B-raf信号传导,并且IC50是500nM或更低。在另一实施方案中,B-raf抑制剂抑制B-raf信号传导,并且IC50是50nM或更低。在另一实施方案中,B-raf抑制剂抑制B-raf信号传导,并且IC50是10nM或更低。在另一实施方案中,B-raf抑制剂抑制B-raf信号传导,并且IC50是1nM或更低。[0182]“V600E”是指B-RAF基因中引起B-raf的第600位氨基酸处的谷氨酰胺被缬胺酸取代的突变。根据先前的编号系统(Kumar等人,Clin.Cancer Res.9:3362-3368,2003),“V600E”又称“V599E”。[0183]“MEK抑制剂”或“MEK拮抗剂”是干扰MEK活化和/或功能的药剂。[0184]术语“克比替尼”与“GDC-0973”在本文中可互换使用并且指化合物[3,4-二氟-2-(2-氟-4-碘-苯基氨基)-苯基]-((S)-3-羟基-3-哌啶-2-基-氮杂环丁烷-1-基)-甲酮及其药学上可接受的盐。
[0185]本文所使用的术语“组成性”或“组成性地”当例如用于受体激酶活性时是指受体不依赖于配体或其它活化分子的存在的连续信号传导活性。取决于受体的性质,活性可以全部是组成性的,或者受体的活性可以通过结合其它分子(例如配体)进一步活化。引起受体活化的细胞事件是本领域普通技术人员众所周知的。举例来说,活化可以包括低聚反应(例如二聚反应、三聚反应等)得到更高级的受体复合物。复合物可以包含单一种类的蛋白质,即,同聚复合物。或者,复合物可以包含至少两种不同的蛋白质种类,即,异聚复合物。复合物的形成可以例如由细胞表面上正常或突变形式的受体的过表达引起。复合物的形成还可以由受体中一种或多种特定突变引起。[0186]“个体反应”或“反应”可以使用指示对个体的益处的任何终点评估,包括但不限于,(1)在某种程度上抑制疾病的进展(例如癌症进展),包括减慢和完全停滞;(2)减小肿瘤大小;(3)抑制(即,减少、减慢或完全停止)邻近周围器官和/或组织中癌细胞的浸润;(4)抑制(即,减少、减慢或完全停止)转移;(5)在某种程度上缓解与疾病或病症(例如癌症)有关的一个或多个症状;(6)增加无进展存活期;和/或(9)降低在治疗后指定时间点的死亡率。[0187]如本文所使用,术语“基本上相同”表示两个数字值之间的相似度足够高,使得本领域技术人员在由所述值(例如Kd值或表达)度量的生物特征的上下文内认为这两个值之间的差异极小或无生物和/或统计学显著性。取决于参考/比较值,所述两个值之间的差异例如小于约50%,小于约40%,小于约30%,小于约20%,和/或小于约10%。[0188]如本文所使用,术语“基本上不同”表示两个数字值之间的差异程度足够高,使得本领域技术人员在由所述值(例如Kd值)度量的生物特征的上下文内认为这两个值之间的差具有统计学显著性。取决于参考/比较分子的值,所述两个值之间的差异例如大于约10%,大于约20%,大于约30%,大于约40%,和/或大于约50%。[0189]物质/分子,例如药物组合物的“有效量”是指在必需剂量下持续必需时间有效实现所希望的治疗或预防结果的量。[0190]物质/分子的“治疗有效量”可以根据多种因素而变化,如疾病状态;个体的年龄、性别及体重;以及该物质/分子在个体中引起期望的反应的能力。治疗有效量还是物质/分
23
CN 107073121 A
说 明 书
20/48页
子的治疗有益作用超过任何有毒或有害作用的量。“预防有效量”是指在必需剂量下持续必需时间段有效实现所希望的预防结果的量。典型地但非必需地,由于预防剂量是在疾病之前或疾病早期用于受试者,故预防有效量将低于治疗有效量。[0191]术语“药物配制物”是指呈某种形式以允许所含活性成分的生物活性有效并且不含对打算施用该配制物的受试者有不可接受的毒性的额外组分的制剂。[0192]“药学上可接受的载剂”是指药物配制物中除活性成分以外的对受试者无毒的成分。药学上可接受的载剂包括但不限于,缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。[0193]如本文所使用,短语“药学上可接受的盐”是指一种化合物的药学上可接受的有机或无机盐。
[0194]如本文所使用,“治疗(treatment)”(及其语法变化形式,如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指试图改变所治疗的个体的自然病程的临床干预,并且可以出于预防目的而进行或在临床病理学病程中进行。所希望的治疗作用包括但不限于,预防疾病发生或复发、缓解症状、减少疾病的任何直接或间接病理后果、预防转移、降低疾病进展速率、改善或减轻疾病状态,及缓和或改善预后。在一些实施方案中,本发明抗体被用于延迟疾病的发生或减慢疾病进展。[0195]“铂类药剂”是含铂的化学治疗剂,例如卡铂、顺铂及奥沙利铂。[0196]术语“细胞毒性剂”或“化学治疗剂”是可用于治疗癌症的生物(例如大分子)或化学(例如小分子)化合物,不管作用机制如何。如本文所使用,该术语是指抑制或防止细胞功能及/或引起细胞死亡或破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212,及Lu放射性同位素);化学治疗剂或药物(例如甲氨蝶呤、阿霉素、长春花生物碱(长春新碱、长春碱、依托泊苷)、多柔比星、美法仑、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、道诺霉素或其它嵌入剂);生长抑制剂;酶及其片段,如核分解酶;抗生素;及毒素,如细菌、真菌、植物或动物来源的小分子毒素或酶活性毒素,包括其片段和/或变体;及下文公开的各种抗肿瘤剂或抗癌剂。其它细胞毒性剂描述于下文。杀肿瘤剂引起肿瘤细胞的破坏。
[0197]“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于,驯养动物(例如牛、绵羊、猫、狗及马)、灵长类动物(例如人类及非人类灵长类动物,如猴)、兔及啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中,个体或受试者是人类。[0198]术语“癌症”和“癌”是指或描述哺乳动物中典型地以不受调控的细胞生长为特征的生理病况。此定义中包括良性和恶性癌症。“早期癌症”或“早期肿瘤”意指非侵袭性或非转移性,或者被归类为0期、I期或II期癌症的癌症。癌症的实例包括但不限于,癌瘤、淋巴瘤、母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌肿瘤、促胃液素瘤及胰岛细胞癌)、间皮瘤、许旺氏细胞瘤(schwannoma)(包括听神经瘤)、脊膜瘤、腺癌、黑素瘤,及白血病或淋巴组织恶性疾病。此类癌症的更具体的实例包括黑素瘤、结肠直肠癌、甲状腺癌(例如乳头状甲状腺癌)、非小细胞肺癌(NSCLC)、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌或胃癌(gastric or stomach cancer)(包括胃肠癌)、胰腺癌、胶质母细胞瘤、子宫颈癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、肝细胞瘤、乳癌(包括转移性乳癌)、结肠癌、直肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、肛门癌、阴茎癌、睾丸癌、食道癌、胆道肿瘤以及头颈癌。在一些实施方
24
CN 107073121 A
说 明 书
21/48页
案中,癌症是黑素瘤;结肠直肠癌;甲状腺癌,例如乳头状甲状腺癌;或卵巢癌。[0199]术语“伴随”在本文中用于指两种或更多种治疗剂的施用是在足够接近的时间内进行,在此情况下,其个别治疗作用在时间上重叠。因此,并行施用包括在中断一种或多种药剂的施用之后施用一种或多种其它药剂的给药方案。在一些实施方案中,伴随施用是并行地、依序地和/或同时地。[0200]“减少或抑制”意指能够引起20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或更高百分比的总体降低。减少或抑制可以指所治疗病症的症状、转移的存在或大小,或原发肿瘤的大小。[0201]术语“药品说明书”用于指示市售治疗产品包装中惯常包括的说明,其含有关于适应症、用法、剂量、施用、组合疗法、禁忌症的信息和/或关于使用这些治疗产品的注意事项。[0202]“制造品”是包含至少一种试剂,例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物,或用于特异性检测本文所描述的生物标记物的探针的任何制品(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中,该制品或试剂盒是作为一个单元宣传、经销或销售以用于执行本文所描述的方法。
[0203]本领域技术人员应了解,本文中提到“约”一个值或参数包括(并且描述)针对该值或参数本身的实施方案。举例来说,提到“约X”的说明包括说明“X”。[0204]应了解,本文所描述的本发明的方面和实施方案包括“由这些方面和实施方案组成”和/或“基本上由这些方面和实施方案组成”。除非另外指示,否则如本文所使用,单数形式“一个(种)”和“所述”包括复数形式的参考物。[0205]II.方法及用途
[0206]本文提供了利用FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂的方法。本文提供了利用MEK拮抗剂和PIK3拮抗剂的方法。本文提供了利用MEK拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及PIK3抑制剂的方法。本文提供了利用MEK拮抗剂和B-raf拮抗剂的方法。本文提供了利用MEK拮抗剂、B-raf拮抗剂及FGFR信号传导拮抗剂的方法。[0207]确切地说,本文提供治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向所述个体伴随施用(a)FGFR信号传导拮抗剂和(b)MEK拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性。[0208]确切地说,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)PIK3拮抗剂和(b)MEK拮抗剂。在一些实施方案中,PIK3拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,PIK3拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)PIK3拮抗剂的
25
CN 107073121 A
说 明 书
22/48页
标准治疗,PIK3拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效使功效增加。在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)PIK3拮抗剂的标准治疗,PIK3拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,PIK3拮抗剂和MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性。[0209]确切地说,本文提供了治疗个体的癌症的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)PIK3拮抗剂、(b)FGFR信号传导拮抗剂及(c)MEK拮抗剂。在一些实施方案中,PIK3拮抗剂及FGFR信号传导拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感期和/或延迟癌症对MEK拮抗剂的抗性的发生。在一些实施方案中,PIK3拮抗剂及FGFR信号传导拮抗剂各自的量有效增加包括MEK拮抗剂的癌症治疗的功效。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)PIK3拮抗剂和/或FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,PIK3拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂各自的量有效使功效增加。举例来说,在一些实施方案中,相较于包括施用有效量MEK拮抗剂而不施用(不存在)PIK3拮抗剂和/或FGFR信号传导拮抗剂的标准治疗,PIK3拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂各自的量有效使反应增加(例如完全反应)。在一些实施方案中,PIK3拮抗剂、FGFR信号传导拮抗剂及MEK拮抗剂各自的量有效增加癌症对MEK拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂的敏感性。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:威罗非尼(即,PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PLX-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(即,PLX4032)。
[0210]本文提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。本文提供了处理个体的癌细胞的方法,其中所述癌细胞对用MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂进行的治疗具有抗性,所述方法包括向个体施用有效量的PIK3拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。本文还提供了治疗个体的对MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。本文提供了治疗个体的对MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂具有抗性的癌症的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:威罗非尼(即,PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PL-3603、
26
CN 107073121 A
说 明 书
23/48页
GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(即,PLX4032)。
[0211]本文还提供了增加对MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体施用有效量的FGFR信号传导拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。本文还提供了增加对MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的敏感性和/或恢复对MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体施用有效量的PI3K拮抗剂和有效量的MEK拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:威罗非尼(即,PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PL-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(即,PLX4032)。
[0212]本文提供了增加包括MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。另外,本文提供了增加包括MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:威罗非尼(即,PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PL-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(即,PLX4032)。[0213]本文提供了治疗个体的癌症,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。此外,本文提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。
[0214]本文提供了治疗个体的癌症的方法,其中癌症治疗包括向个体伴随施用(a)有效
27
CN 107073121 A
说 明 书
24/48页
量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂和/或有效量的FGFR信号传导拮抗剂,其中相较于包括施用有效量的MEK拮抗剂而不施用(不存在)FGFR信号传导拮抗剂和/或B-raf拮抗剂和/或PIK3拮抗剂的标准治疗,该癌症治疗具有较高功效。此外,本文还提供了延迟和/或防止个体的癌症对MEK拮抗剂产生抗性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂及(b)有效量的MEK拮抗剂和/或有效量的FGFR信号传导拮抗剂和/或有效量的B-raf拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:威罗非尼(即,PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PL-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(即,PLX4032)。[0215]本文提供了治疗对MEK拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)MEK拮抗剂和(b)有效量的B-raf拮抗剂和/或FGFR信号传导拮抗剂。本文提供了治疗对MEK拮抗剂产生抗性的可能性较高的癌症个体的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)MEK拮抗剂和(b)有效量的PIK3拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:威罗非尼(即,PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PL-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(即,PLX4032)。[0216]另外,本文提供了增加癌症个体对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。本文提供了增加癌症个体对MEK拮抗剂的敏感性的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。此外,本文还提供了延长癌症个体对MEK拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。此外,本文还提供了延长癌症个体对MEK拮抗剂的敏感期的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PIK3拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。在某些实施方案中,这些方法还可以包括B-raf拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在某些实施方案中,MEK拮抗剂
28
CN 107073121 A
说 明 书
25/48页
是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:威罗非尼(即,PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PLX-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(即,PLX4032)。[0217]本文还提供了延长患有癌症的个体对MEK拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的FGFR信号传导拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。本文还提供了延长患有癌症的个体对MEK拮抗剂的反应持续时间的方法,所述方法包括向个体伴随施用(a)有效量的PI3K拮抗剂和(b)有效量的MEK拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂是以下一种或多种:威罗非尼(即,PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PL-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺、GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在某些实施方案中,B-raf拮抗剂可以对B-raf V600E具有选择性。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是威罗非尼(即,PLX4032)。
[0218]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗体抑制剂、小分子抑制剂、结合多肽抑制剂和/或多聚核苷酸拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是结合多肽抑制剂。在一些实施方案中,结合多肽抑制剂包含FGFR细胞外结构域连接至Fc的区域(例如FP-1039(Five Prime))。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR2信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR3信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR4信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗体。[0219]在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1b、FGFR1c、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在一些实施方案中,所述小分子是N-[2-[[4-(二乙基氨基)丁基]氨基]-6-(3,5-二甲氧基苯基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基]-N′-(1,1-二甲基乙基)-脲或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中,该小分子是BGJ398(Novartis)、AZD4547(AstraZeneca)和/或FF284(Chugai/Debiopharm(Debio 1347)。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGF2抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1-IIIb抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1-IIIc抗体。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是能够结合超过一个FGFR多肽的抗FGFR抗体。[0220]如本文所使用,对疗法具有抗性的癌症包括对该疗法不起反应和/或对该疗法产
29
CN 107073121 A
说 明 书
26/48页
生显著反应(例如部分反应和/或完全反应)的能力较弱的癌症。抗性可以是在治疗方法过程中产生的获得性抗性。在一些实施方案中,获得性药物抗性是短暂和/或可逆的药物耐受性。对一种疗法的短暂和/或可逆的药物耐受性包括药物抗性能够在治疗方法中断后重新获得对该疗法的敏感性的情形。在一些实施方案中,获得性抗性是持久的抗性。对一种疗法的持久抗性包括赋予药物抗性的遗传变化。[0221]如本文所使用,对疗法具有敏感性的癌症包括对该疗法起反应和/或能够对该疗法产生显著反应(例如部分反应和/或完全反应)的癌症。[0222]测定或评估对一种疗法的抗性的获得和/或对一种疗法的敏感性的维持的方法是本领域中已知的并且描述于实施例中。抗性获得和/或敏感性维持的变化,如耐药性,可以如实施例和Sharma等人中所描述,通过检验耐药株的生长来评估。抗性获得和/或敏感性维持的变化,如持久抗性和/或长期抗性株,可以如实施例和Sharma等人中所描述,通过检验长期耐药株的生长来评估。在一些实施方案中,抗性可以通过IC50、EC50变化或者耐药株和/或长期耐药株中肿瘤生长的减少来指示。在一些实施方案中,该变化高于约50%、100%和/或200%中任一种。此外,抗性获得和/或敏感性维持的变化可以在体内,例如通过评估对疗法的反应、反应持续时间和/或进展时间,例如部分反应及完全反应来评估。抗性获得和/或敏感性维持的变化可以基于个体群对疗法的反应、反应持续时间和/或进展时间的变化,例如部分反应和完全反应的数量。
[0223]在这些方法中任一种的一些实施方案中,癌症是实体肿瘤癌症。在一些实施方案中,癌症是肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC))。在一些实施方案中,癌症是乳癌(例如HER2阳性乳癌)。在一些实施方案中,癌症是黑素瘤。在一些实施方案中,癌症是上皮组织的癌症。在一些实施方案中,癌症是腺癌。当开始包括FGFR信号传导拮抗剂和B-raf拮抗剂的治疗方法时,本文所描述的任何组合疗法中的癌症可以对仅包括B-raf拮抗剂的治疗方法敏感(敏感的实例包括但不限于,对该方法起反应和/或能够针对该方法产生显著反应(例如部分反应和/或完全反应))。当开始包括FGFR信号传导拮抗剂和B-raf拮抗剂的治疗方法时,本文所描述的任何组合疗法中的癌症可以对仅包括B-raf拮抗剂的治疗方法不具有抗性(抗性的实例包括但不限于,对该方法不起反应和/或针对该方法产生显著反应(例如部分反应和/或完全反应)的能力较弱和/或不能针对该方法产生显著反应)。在一些实施方案中,癌症经历上皮细胞-间充质转型(EMT)。在一些实施方案中,通过检验上皮相关蛋白质/RNA(例如E-钙粘附蛋白)和/或间充质相关蛋白/RNA(例如波形蛋白)的表达来检测EMT。在一些实施方案中,癌症具有野生型B-raf(即,该癌症在B-raf中不合突变)。在一些实施方案中,癌症在B-raf中具有突变。在一些实施方案中,突变体B-raf是组成性活化的B-raf。在一些实施方案中,突变体B-raf是B-raf V600。在一些实施方案中,B-raf V600是B-raf V600E。在一些实施方案中,突变体B-raf是以下一种或多种:B-raf V600K(GTG>AAG)、V600R(GTG>AGG)、V600E(GTG>GAA)和/或V600D(GTG>GAT)。[0224]在这些方法中任一种的一些实施方案中,根据以上实施方案中任一种的个体可以是人类。
[0225]在这些方法中任一种的一些实施方案中,以上所描述的组合疗法涵盖组合施用(其中两种或超过两种治疗剂包括在同一或独立配制物中)及分开施用,在此情形中,本发明拮抗剂的施用可以在该另外的治疗剂和/或佐剂施用之前、同时、依序、并行和/或之后发
30
CN 107073121 A
说 明 书
27/48页
生。在一些实施方案中,组合疗法另外包含放射疗法和/或另外的治疗剂。[0226]FGFR信号传导拮抗剂、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂可以通过任何适合方式施用,包括口服、肠胃外、肺内及鼻内,并且必要时,用于局部治疗,即病灶内施用。肠胃外输注包括肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。部分取决于施用是短暂的还是长期的,可以通过任何适合途径,例如通过注射,如静脉内或皮下注射给药。本文涵盖多种给药时程,包括但不限于,单次施用或在多个时间点多次施用、推注及脉冲输注。[0227]本文所描述的FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂可以按符合良好医学实践的方式配制、给药及施用。在此情形中考虑的因素包括所治疗的特定病症、所治疗的特定哺乳动物、个别患者的临床状况、病症的起因、药剂的递送部位、施用方法、施用时程及从业医生已知的其它因素。FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂未必,但任选与常用于预防或治疗所讨论的病症的一种或多种药剂一起配制。此类其它药剂的有效量取决于配制物中存在的FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的量、病症或治疗的类型及以上论述的其它因素。这些药剂一般以相同剂量并且利用本文中所述的施用途径使用,或以本文中所述剂量的约1%至99%使用,或凭经验/临床上确定为适当的任何剂量及任何途径使用。[0228]为了预防或治疗疾病,本文所描述的FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂的适当剂量(当单独或与一种或多种其它另外的治疗剂组合使用时)将取决于有待治疗的疾病的类型;该疾病的严重程度和过程;施用FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂是预防还是治疗目的;先前疗法;患者的临床病史及对FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂的反应;以及主治医师的判断。FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂适合一次性或经一系列治疗施用给患者。对于历经数天或更长时间的重复施用,取决于病状,治疗一般会持续直至发生疾病症状的所希望的抑制为止。这些剂量可以间歇地施用,例如隔周或隔三周(例如,以使得患者接受约二至约二十或例如约六次剂量的FGFR信号传导拮抗剂及B-raf拮抗剂)。最初可以施用较高负荷剂量,随后施用一次或多次较低剂量。示例性给药方案包括施用。不过,其它给药方案可以是有用的。此疗法的进展易于通过常规技术和分析监测。[0229]应了解,上述配制物或治疗方法中的任一种可以使用免疫偶联物作为FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂进行。[0230]III.治疗性组合物
[0231]本文提供了包含FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂的组合。在具体实施方案中,本文提供了包含FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)和MEK拮抗剂的组合。在具体实施方案中,本文提供了包含MEK拮抗剂和PIK3拮抗剂的组合。在具体实施方案中,本文提供了包含FGFR信号传导拮抗剂(例如抗体、结合多肽和/或小分子)、MEK拮抗剂及B-raf拮抗剂的组合。在某些实施方案中,该组合增加单独施用的靶向治疗剂的功效。在某些实施方案中,该组合延迟和/或防止癌症对靶向治疗剂的抗性的发生。在某些实施方案中,该组合延长癌症个体对靶
31
CN 107073121 A
说 明 书
28/48页
向治疗剂的敏感期。
[0232]本文提供了可用于本文所描述的组合治疗方法中的FGFR信号传导拮抗剂和MEK拮抗剂。本文提供了可用于本文所描述的组合治疗方法中的PIK3拮抗剂和MEK拮抗剂。本文提供的本文所描述的组合中的任一种可以另外包含B-raf拮抗剂。[0233]在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂和/或MEK拮抗剂和/或PIK3拮抗剂和/或B-raf拮抗剂是抗体、结合多肽、结合小分子和/或多聚核苷酸。
[0234]各种FGFR和FGF的氨基酸序列是本领域中已知的并且是公开可得的。参见例如,FGFR1(例如UniProtKB/Swiss-Prot P11362-1、P11362-2、P11362-3、P11362-4、P11362-5、P11362-6、P11362-7、P11362-8、P11362-9、P11362-10、P11362-11、P11362-12、P11362-13、P11362-14、P11362-15、P11362-16、P11362-17、P11362-18、P11362-19、P11362-20和/或P11362-21)、FGFR2(例如UniProtKB/Swiss-Prot P21802-1(即FGFR2-IIIc)、P21802-2、P21802-3(即FGFR2-IIIb)、P21802-4、P21802-5、P21802-6、P21802-7、P21802-8、P21802-9、P21802-10、P21802-11、P21802-12、P21802-13、P21802-14、P21802-15、P21802-16、P21802-17、P21802-18、P21802-19、P21802-20、P21802-21、P21802-22和/或P21802-23)、FGFR3(例如UniProtKB/Swiss-Prot P22607-1(即FGFR3-IIIc)、P22607-2(即FGFR3-IIIb)、P22607-3和/或P22607-4)、FGFR4(例如UniProtKB/Swiss-Prot P22455-1和/或P22455-2)、FGF1(例如UniProtKB/Swiss-Prot P05230-1和/或P05230-2)、FGF2(例如UniProtKB/Swiss-Prot P09038-1、P09038-2、P09038-3和/或P09038-4)、FGF3(例如UniProtKB/Swiss-Prot P11487)、FGF4(例如UniProtKB/Swiss-Prot P08620)、FGF5(例如UniProtKB/Swiss-Prot P12034-1和/或P12034-2)、FGF6(例如UniProtKB/Swiss-Prot 10767)、FGF7(例如UniProtKB/Swiss-Prot P21781)、FGF8(例如UniProtKB/Swiss-Prot P55075-1、P55075-2、P55075-3和/或P55075-4)、FGF9(例如UniProtKB/Swiss-Prot P31371)、FGF10(例如UniProtKB/Swiss-Prot O15520)、FGF11(例如UniProtKB/Swiss-Prot Q92914)、FGF12(例如UniProtKB/Swiss-Prot P61328-1和/或P61328-2)、FGF13(例如UniProtKB/Swiss-Prot Q92913-1、Q92913-2、Q92913-3、Q92913-4和/或Q92913-5)、FGF14(例如UniProtKB/Swiss-Prot Q92915-1和/或Q92915-2)、FGF16(例如UniProtKB/Swiss-Prot O43320)、FGF17(例如UniProtKB/Swiss-Prot O60258-1和/或O60258-2)、FGF18(例如UniProtKB/Swiss-Prot O76093)、FGF19(例如UniProtKB/Swiss-Prot O95750)、FGF20(例如UniProtKB/Swiss-Prot Q9NP95)、FGF21(例如UniProtKB/Swiss-Prot Q9NSA1)、FGF22(例如UniProtKB/Swiss-Prot Q9HCT0)和/或FGF23(例如UniProtKB/Swiss-Prot Q9GZV9)。[0235]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗体抑制剂、小分子抑制剂、结合多肽抑制剂和/或多聚核苷酸拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是结合多肽抑制剂。在一些实施方案中,结合多肽抑制剂包含FGFR细胞外结构域连接至Fc的区域。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是抗体。
[0236]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR1信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR1-IIIb、FGFR1-IIIc、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF5、FGF6及FGF10。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGFR1(例如FGFR1-IIIb和/或FGFR1-IIIc)。在一些
32
CN 107073121 A
说 明 书
29/48页
实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGF2。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGF5。
[0237]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是结合多肽。在一些实施方案中,该结合多肽是包含FGFR1多肽细胞外结构域和融合搭配物的FGFR1融合蛋白。在一些实施方案中,FGFR1是FGFR1-IIIb。在一些实施方案中,FGFR1是FGFR1-IIIb。在一些实施方案中,该细胞外结构域包含FGFR1-IIIc的氨基酸22至360或22至592。在一些实施方案中,FGFR1融合蛋白是US7678890(以引用的方式整体并入本文中)中所描述的蛋白质。[0238]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGF2抗体。在一些实施方案中,融合搭配物是Fc多肽。在一些实施方案中,该抗体是例如US20090304707(以引用的方式整体并入本文中)中所描述的FGF2抗体,例如由杂交瘤PTA-8864产生的抗体和/或其人源化抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1-IIIb抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是抗FGFR1-IIIc抗体。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是能够结合超过一个FGFR多肽的抗FGFR1抗体。[0239]在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是N-[2-[[4-(二乙基氨基)丁基]氨基]-6-(3,5-二甲氧基苯基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基]-N′-(1,1-二甲基乙基)-脲或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是BGJ398(Novartis,即,3-(2,6-二氯-3,5-二甲氧基苯基)-1-{6-[4-(4-乙基-哌嗪-1-基)-苯基氨基]-嘧啶-4-基}-1-甲基脲和/或其药学上可接受的盐;目录号872511-34-7)。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是AZD4547(AstraZeneca;即N-(5-(3,5-二甲氧基苯乙基)-1H-吡唑-3-基)-4-((3S,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)苯甲酰胺和/或其药学上可接受的盐)。在一些实施方案中,FGFR1信号传导拮抗剂是FF284(Chugai/Debiopharm(Debio 1347))。
[0240]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR2信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR2-IIIb、FGFR2-IIIc、FGF1、FGF2、FGF3、FGF4、FGF6、FGF7、FGF9、FGF10、FGF17、FGF18及FGF22。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGFR2(例如FGFR2-IIIb和/或FGFR2-IIIc)。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGF2。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGF9。[0241]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂是结合多肽。在一些实施方案中,该结合多肽是包含FGFR2多肽细胞外结构域和融合搭配物的FGFR2融合蛋白。实例包括但不限于WO2008/065543和WO2007/014123中所描述的那些,所述文献以引用的方式整体并入本文中。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂是抗FGFR2抗体。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂是抗FGFR2-IIIb抗体。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂是抗FGFR2-IIIc抗体。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂是能够结合超过一个FGFR多肽的抗FGFR2抗体。FGFR2抗体的实例是本领域中已知的并且包括但不限于,US 8,101,723、US 8,101,721、WO2001/79266、WO2007/144893及WO2010/054265中所描述的抗体,上述专利以引用的方式整体并入本文中。[0242]在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,FGFR2信
33
CN 107073121 A
说 明 书
30/48页
号传导拮抗剂是BGJ398(Novartis,即,3-(2,6-二氯-3,5-二甲氧基苯基)-1-{6-[4-(4-乙基-哌嗪-1-基)-苯基氨基]-嘧啶-4-基}-1-甲基脲和/或其药学上可接受的盐;目录号872511-34-7)。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂是AZD4547(AstraZeneca;即N-(5-(3,5-二甲氧基苯乙基)-1H-吡唑-3-基)-4-((3S,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)苯甲酰胺和/或其药学上可接受的盐)。在一些实施方案中,FGFR2信号传导拮抗剂是FF284(Chugai/Debiopharm(Debio 1347))。
[0243]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR3信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR3-IIIb、FGFR3-IIIc、FGF1、FGF2、FGF4、FGF8、FGF9、FGF17、FGF18及FGF23。在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGFR3(例如FGFR3-IIIb和/或FGFR3-IIIc)。在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGF2。在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGF9。[0244]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂是结合多肽。在一些实施方案中,该结合多肽是包含FGFR3多肽细胞外结构域和融合搭配物的FGFR3融合蛋白。在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂是抗FGFR3抗体。在一些实施方案中,FGF R3信号传导拮抗剂是抗FGFR3-IIIb抗体。在一些实施方案中,FGF R3信号传导拮抗剂是抗FGFR3-IIIc抗体。在一些实施方案中,FGF R3信号传导拮抗剂是能够结合超过一个FGFR多肽的抗FGFR3抗体。FGFR3抗体的实例是本领域中已知的并且包括但不限于,US 8,101,721、WO2010/111367、WO2001/79266、WO2002/102854、WO2002/10972、WO2007/144893、WO2010/002862和/或WO2010/048026中所描述的抗体,上述专利以引用的方式整体并入本文中。[0245]在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂是BGJ398(Novartis,即,3-(2,6-二氯-3,5-二甲氧基苯基)-1-{6-[4-(4-乙基-哌嗪-1-基)-苯基氨基]-嘧啶-4-基}-1-甲基脲和/或其药学上可接受的盐;目录号872511-34-7)。在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂是AZD4547(AstraZeneca;即N-(5-(3,5-二甲氧基苯乙基)-1H-吡唑-3-基)-4-((3S,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)苯甲酰胺和/或其药学上可接受的盐)。在一些实施方案中,FGFR3信号传导拮抗剂是FF284(Chugai/Debiopharm(Debio 1347))。在所述方法中任一种的一些实施方案中,FGFR3拮抗剂是布利尼布(Brivanib)、多韦替尼(Dovitinib)(TKI-258)和/或HM-80871A。[0246]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂是FGFR4信号传导拮抗剂。在一些实施方案中,FGFR4信号传导拮抗剂结合至和/或抑制以下一种或多种:FGFR4-IIIb、FGFR4-IIIc、FGF1、FGF2、FGF4、FGF6、FGF8、FGF9、FGF16、FGF17、FGF18及FGF19。在一些实施方案中,FGFR4信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGFR4(例如FGFR4-IIIb和/或FGFR4-IIIc)。在一些实施方案中,FGFR4信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGF2。在一些实施方案中,FGFR4信号传导拮抗剂结合至和/或抑制FGF9。[0247]在这些方法中任一种的一些实施方案中,FGFR4信号传导拮抗剂是结合多肽。在一些实施方案中,该结合多肽是包含FGFR4多肽细胞外结构域和融合搭配物的FGFR4融合蛋白。在一些实施方案中,FGFR4信号传导拮抗剂是抗FGFR4抗体。在一些实施方案中,FGFR4信号传导拮抗剂是能够结合超过一个FGFR多肽的抗FGFR4抗体。FGFR4抗体的实例是本领域中已知的并且包括但不限于,WO2008/052796和WO2005/037235中所描述的抗体,上述专利以
34
CN 107073121 A
说 明 书
31/48页
引用的方式整体并入本文中。[0248]在一些实施方案中,FGFR4信号传导拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,弱FGFR4信号传导拮抗剂是BGJ398(Novartis,即,3-(2,6-二氯-3,5-二甲氧基苯基)-1-{6-[4-(4-乙基-哌嗪-1-基)-苯基氨基]-嘧啶-4-基}-1-甲基脲和/或其药学上可接受的盐;目录号872511-34-7)。在一些实施方案中,弱FGFR4拮抗剂是AZD4547(AstraZeneca;即N-(5-(3,5-二甲氧基苯乙基)-1H-吡唑-3-基)-4-((3S,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)苯甲酰胺和/或其药学上可接受的盐)。在一些实施方案中,弱FGFR4拮抗剂是FF284(Chugai/Debiopharm(Debio 1347))。
[0249]示例性FGFR拮抗剂是本领域中已知的并且包括但不限于,US5288855、US6344546、WO94/21813、US20070274981、WO2005/066211、WO2011/068893、US5229501、US6656728、US7678890、WO95/021258、US6921763、US6713474、US6610688、US6297238、US20130053376、US20130039855、US2013004492、US20120316137、US20120251538、US20120195851、US20110129524、US20110053932、US20050227921、EP1761505、WO2012/125124、WO2012/123585、WO2011/099576、WO2011/035922、WO2009148928、WO2008/149521、WO2005/079390、WO2003/080064、WO2008/075068(特别是实施例80)、WO2005/080330,上述专利以引用的方式整体并入本文中。
[0250]在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂可以是FGFR/FGF特异性抑制剂,例如FGFR1特异性抑制剂。在一些实施方案中,该抑制剂可以是双重抑制剂或泛抑制剂,其中FGFR信号传导拮抗剂抑制FGFR/FGF及一种或多种其它标靶多肽和/或一种或多种FGFR/FGF。
[0251]在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK1抑制剂。在某些实施方案中,MEK拮抗剂是MEK2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是MEK1/2抑制剂。在某些实施方案中,MEK抑制剂是GDC-0973(克比替尼)。在某些实施方案中,PIK3拮抗剂是GDC-0032。[0252]此处还提供可用于本文所描述的方法中的B-raf拮抗剂。
[0253]
示例性B-raf拮抗剂包括本领域中已知的那些,例如威罗非尼(又称和
PLX4032)、索拉非尼、PLX4720、PLX-3603、GSK2118436、GDC-0879、N-(3-(5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺,以及WO2007/002325、
WO2007/002433、WO2009111278、WO2009111279、WO2009111277、WO2009111280及美国专利号7,491,829中所描述的那些。其它B-raf拮抗剂包括GSK 2118436、RAF265(Novartis)、XL281、ARQ736、BAY73-4506。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是选择性B-raf拮抗剂。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是选择性B-raf V600拮抗剂。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是选择性B-raf V600E拮抗剂。在一些实施方案中,B-raf V600是B-raf V600E、B-raf V600K和/或V600D。在一些实施方案中,B-raf V600是B-raf V600R。[0254]B-raf拮抗剂可以是小分子抑制剂。小分子抑制剂优选是除本文所定义的多肽或抗体外的结合,优选特异性结合至B-raf的有机分子。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是激酶抑制剂。在一些实施方案中,B-raf拮抗剂是抗体、肽、肽模拟物、适体或多聚核苷酸。[0255]可用于所述方法中的抗B-raf抗体包括以足够亲和力特异性结合至B-raf并且可以降低或抑制B-raf活性的任何抗体。所选抗体通常对B-raf具有足够强的亲和力,例如,该抗体可以按介于100nM-1pM之间的Kd值结合人类B-raf。抗体亲和力可以例如通过基于表面
35
CN 107073121 A
说 明 书
32/48页
等离子体共振的分析(如PCT申请公布号WO2005/012359中所描述的BIAcore分析)、酶联免疫吸附剂分析(ELISA)及竞争分析(例如RIA)测定。[0256]在一些实施方案中,B-raf拮抗剂可以是B-raf特异性抑制剂。在一些实施方案中,该抑制剂可以是双重抑制剂或泛抑制剂,其中B-raf拮抗剂抑制B-raf及一种或多种其它标靶多肽。
[0257]A.抗体
[0258]本文提供了结合至所关注多肽,如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf的用于本文所描述的方法中的分离的抗体。在以上任一实施方案中,抗体是人源化的。另外,根据以上实施方案中任一个的抗体是单克隆抗体,包括嵌合抗体、人源化抗体或人类抗体。在一个实施方案中,该抗体是抗体片段,例如Fv、Fab、Fab′、scFv、双抗体或F(ab′)2片段。在另一实施方案中,该抗体是全长抗体,例如“完整IgG1”抗体,或如本文所定义的其它抗体类别或同种型。[0259]在另一方面,根据以上任一实施方案的抗体可以并入如以下部分中所述的任何特征之一或其组合:[0260]1.抗体亲和力
[0261]在某些实施方案中,本文提供的抗体的解离常数(Kd)≤1μM,≤100nM,≤10nM,≤1nM,≤0.1nM,≤0.01nM,或≤0.001nM(例如,10-8M或更低,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13M)。在一个实施方案中,Kd是通过放射性标记抗原结合分析(RIA)测量。在一个实施方案中,RIA是以所关注抗体的Fab型式及其抗原进行。举例来说,通过在未标记抗原滴定系列存在下使Fab与最小浓度的(125I)标记抗原平衡,接着用涂布抗Fab抗体的板捕捉经结合抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(参看例如,Chen等人,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为建立分析条件,用含5μg/ml捕捉抗Fab抗体(Cappel Labs)的50mM碳酸钠(pH 9.6)将
多孔板(Thermo Scientific)涂布过夜,随后在室温(约23℃)下
用含2%(w/v)牛血清白蛋白的PBS阻断二至五小时。在非吸附板(Nunc#269620)中,将100pM或26pM[125I]-抗原与所关注Fab的连续稀释液混合(例如按照Presta等人,Cancer Res.57:4593-4599(1997)中的抗VEGF抗体Fab-12的评估)。接着培育所关注Fab过夜;不过,培育可以持续更长时间(例如约65小时)以确保达到平衡。此后,在室温下将混合物转移至捕捉板中进行培育(例如1小时)。接着移除溶液并用含0.1%聚山梨醇酯20(TWEEN-)的PBS将
板洗涤八次。当板干燥时,添加150μl/孔的闪烁体(MICROSCINT-20TM;Packard),并在TOPCOUNTTMγ计数器(Packard)上对板计数十分钟。选择提供小于或等于20%最大结合的每一Fab的浓度用于竞争性结合分析。
[0262]
根据另一实施方案,使用表面等离子体共振分析测量Kd。举例来说,
-2000或
在25℃下,用固定抗原CM5芯片,在约10个反应单元(RU)下,使用
-3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)进行分析。在一个实施方案中,根据供
应商的说明,用N-乙基-N′-(3-二甲基氨基丙基)-碳化二亚胺盐酸盐(EDC)及N-羟基琥珀酰
亚胺(NHS)使羧甲基化的葡聚糖生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)活化。用10mM乙酸钠(pH 4.8)将抗原稀释至5μg/ml(约0.2μM),随后以5μl/分钟流速注射以达到约10个反应单元(RU)的偶合蛋白。在注射抗原之后,注射1M乙醇胺以阻断未反应组。对于动力学测量,在25℃下,以约25μl/min的流速将Fab的两倍稀释液(0.78nM至500nM)注入含0.05%聚山梨醇
36
CN 107073121 A
说 明 书
33/48页
酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中。使用简单的一对一朗缪尔结合模型(one-to-one Langmuir binding model)(
评价软件3.2版),通过同时拟合缔合和解离
传感图谱来计算缔合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)是以koff/kon比率计算。参见例如,Chen等人,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果以上表面等离子体共振分析测定缔合速率超过106M-1s-1,则该缔合速率可以通过使用荧光猝灭技术测定,该技术以分光计,如装备停流仪的分光光度计(Aviv Instruments)或带有搅拌比色杯的8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计测量在25℃下,在递增浓度的抗原存在下含20nM抗-抗原抗体(Fab形式)的PBS(pH 7.2)的荧光发射强度的增加或降低(激发=295nm;发射=340nm;16nm带通)。
[0263]2.抗体片段
[0264]在某些实施方案中,本文提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于,Fab、Fab′、Fab′-SH、F(ab′)2、Fv及scFv片段,以及下文所述的其它片段。关于某些抗体片段的综述,参见Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述,参见例如,Pluckthün,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994);另参见WO 93/16185;及美国专利号5,571,894和5,587,458。关于包含救助受体结合表位残基并具有较高体内半衰期的Fab和F(ab′)2片段的论述,参见美国专利号5,869,046。
[0265]双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段,其可以是二价或双特异性的。参见例如,EP 404,097;WO 1993/01161;Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003);及Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三功能抗体和四功能抗体也描述于Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)。
[0266]单结构域抗体是包含抗体的所有或一部分重链可变结构域或所有或一部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施方案中,单结构域抗体是人类单结构域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA;参见例如,美国专利号6,248,516)。[0267]抗体片段可以通过各种技术制备,包括但不限于,完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)产生,如本文中所述。[0268]3.嵌合抗体和人源化抗体[0269]在某些实施方案中,本文提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体描述于例如美国专利号4,816,567;及Morrison等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))中。在一个实施例中,嵌合抗体包含非人类可变区(例如来源于小鼠、大鼠、仓鼠、兔或如猴等非人类灵长类动物的可变区)及人类恒定区。在另一实施例中,嵌合抗体是“类别转换”抗体,其中类别或子类已由亲本抗体的类别或子类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。[0270]在某些实施方案中,嵌合抗体是人源化抗体。典型地,对非人类抗体进行人源化以降低对人类的免疫原性,同时保留亲本非人类抗体的特异性和亲和力。一般来说,人源化抗体包含一个或多个可变结构域,其中HVR(例如CDR)(或其部分)来源于非人类抗体,并且FR(或其部分)来源于人类抗体序列。人源化抗体任选将另包含至少一部分人类恒定区。在一些实施方案中,人源化抗体中的一些FR残基被来自非人类抗体(例如得到HVR残基的抗体)的相应残基取代,例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
[0271]人源化抗体及其制备方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:
37
CN 107073121 A
说 明 书
34/48页
1619-1633(2008)中,并且进一步描述于例如Riechmann等人,Nature 332:323-329(1988);Queen等人,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989);美国专利号5,821,337、7,527,791、6,982,321及7,087,409;Kashmiri等人,Methods 36:25-34(2005)(描述了特异性决定区(SDR)移植);Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“表面重塑”);Dall’Acqua等人,Methods 36:43-60(2005)(描述了“FR改组”);及Osbourn等人,Methods 36:61-68(2005)及Klimka等人,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了用于FR改组的“导引选择”法)。
[0272]可以用于人源化的人类构架区包括但不限于:使用“最佳拟合”法选择的构架区(参见例如,Sims等人,J.Immunol.151:2296(1993));来源于具有特定亚组的轻链或重链可变区的人类抗体的共同序列的构架区(参见例如,Carter等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992);及Presta等人,J.Immunol.,151:2623(1993));及人类成熟(体细胞突变)构架区或人类生殖系构架区(参见例如,Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008));及来源于筛选FR文库的构架区(参见例如,Baca等人,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及Rosok等人,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。[0273]4.人类抗体
[0274]在某些实施方案中,本文提供的抗体是人类抗体。人类抗体可以使用本领域中已知的不同技术产生。人类抗体大体上描述于van Dijk及van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001),及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)中。
[0275]人类抗体可以通过向转基因动物施用免疫原来制备,该转基因动物经过修饰以响应于抗原攻击而产生完整人类抗体或具有人类可变区的完整抗体。此类动物典型地含有置换内源性免疫球蛋白基因座或存在于染色体外或随机整合至动物染色体中的全部或一部分人类免疫球蛋白基因座。在这些转基因小鼠中,内源性免疫球蛋白基因座一般是不活化的。关于由转基因动物获得人类抗体的方法的综述,参见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。另参见例如,美国专利号6,075,181和6,150,584,该案描述了XENOMOUSETM技术;美国专利号5,770,429,该案描述了了K-M
技术;美国专利号7,041,870号,该案描述
技术;及美国专利申请公布号US 2007/0061900,该案描述了
技术。来自由这些动物产生的完整抗体的人类可变区可以例如通过与不同人类恒定区组合来进一步修饰。
[0276]人类抗体还可以通过基于杂交瘤的方法制备。已描述用于产生人类单株抗体的人类骨髓瘤及小鼠-人类异源骨髓瘤细胞系。(参见例如,Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984);Brodeur等人,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987);及Boemer等人,J.Immunol.,147:86(1991)。)经由人类B细胞杂交瘤技术产生的人类抗体也描述于Li等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)中。其它方法包括例如描述于美国专利号7,189,826(描述了由杂交瘤细胞系产生单克隆人类IgM抗体)及Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(描述了人类-人类杂交瘤)中的方法。人类杂交瘤技术(三源杂交瘤技术)另描述于Vollmers和Brandlein,Hist.&Histopath.,20(3):927-937(2005),以及Vollmers和Brandlein,Methods Find Exp.Clin.Pharmacol.,27(3):185-91(2005)中。
38
CN 107073121 A[0277]
说 明 书
35/48页
人类抗体还可以通过分离选自人类来源的噬菌体呈现文库的Fv克隆可变结构域
序列来产生。这些可变结构域序列接着可以与所希望的人类恒定结构域组合。下文描述自抗体文库选择人类抗体的技术。[0278]5.来源于文库的抗体
[0279]抗体可以通过筛选组合文库中具有一种或多种所希望活性的抗体来分离。举例来说,本领域中已知用于产生噬菌体呈现文库及筛选这些文库中具有所希望的结合特征的抗体的多种方法。这些方法综述于例如Hoogenboom等人,Methods Mol.Biol.178:1-37(O’Brien等人编,Human Press,Totowa,NJ,2001)中并且进一步描述于例如McCafferty等人,Nature 348:552-554;Clackson等人,Nature 352:624-628(1991);Marks等人,J.Mol.Biol.222:581-597(1992);Marks和Bradbury,Methods Mol.Biol.248:161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003);Sidhu等人,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004);Lee等人,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004);Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004);及Lee等人,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)中。[0280]在某些噬菌体呈现方法中,通过聚合酶链反应(PCR)分别克隆VH和VL基因的谱系并在噬菌体文库中随机重组,接着可以如Winter等人,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)中所述筛选抗原结合噬菌体。噬菌体典型地以单链Fv(scFv)片段或Fab片段形式呈现抗体片段。来自经免疫来源的文库提供抗免疫原的高亲和力抗体而无需构建杂交瘤。作为替代,可以对天然谱系(例如,来自人类)进行克隆以提供针对多种非自身抗原和自身抗原的单一抗体来源,而无需进行任何免疫接种,如Griffiths等人,EMBO J,12:725-734(1993)中所述。最后,如Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所述,也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区,并且完成体外重排来合成产生天然文库。描述人类抗体噬菌体文库的专利公布包括例如:美国专利号5,750,373,以及美国专利公布号2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764、2007/0292936及2009/0002360。[0281]自人类抗体文库分离的抗体或抗体片段在本文中被认为人类抗体或人类抗体片段。
[0282]6.多特异性抗体
[0283]在某些实施方案中,本文提供的抗体是多特异性抗体,例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中,结合特异性之一是针对所关注多肽,如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf并且另一个是针对任何其它抗原。在某些实施方案中,双特异性抗体可以结合至所关注多肽的两个不同表位,如FGFR/FGF和/或B-raf,或FGFR/FGF和/或MEK1,或FGFR/FGF和/或MEK2,或FGFR/FGF和/或MEK1/2,或PIK3和/或MEK1,或PIK3和/或MEK2,或PIK3和/或MEK1/2。双特异性抗体还可以用于将细胞毒性剂定位于表达所关注多肽,如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf的细胞。双特异性抗体可以制备成全长抗体或抗体片段。[0284]用于制备多特异性抗体的技术包括但不限于,具有不同特异性的两个免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(参见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983))、WO 93/
39
CN 107073121 A
说 明 书
36/48页
08829及Traunecker等人,EMBO J.10:3655(1991));及“杵臼技术(knob-in-hole)”工程改造(参见例如,美国专利号5,731,168)。多特异性抗体也可以通过以下方式制备:工程改造静电牵引作用以制备抗体Fc杂二聚体分子(WO 2009/089004A1);使两种或更多种抗体或片段交联(参见例如,美国专利号4,676,980,及Brennan等人,Science,229:81(1985));使用亮胺酸拉链制造双特异性抗体(参见例如,Kostelny等人,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992));使用“双抗体”技术制备双特异性抗体片段(参见例如,Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993));及使用单链Fv(sFv)二聚体(参见例如,Gruber等人,J.Immunol.,152:5368(1994));及制备三特异性抗体,如例如Tutt等人,J.Immunol.147:60(1991)中所述。
[0285]本文还包括了具有三个或更多个抗原结合位点的工程改造的抗体,包括“Octopus抗体”(参见例如US 2006/0025576A1)。[0286]本文中的抗体或片段还包括“双效FAb”或“DAF”,其包含了结合至所关注多肽,如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf,以及另一不同抗原(参见例如US 2008/0069820),包括但不限于,FGFR、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf的抗原结合位点。[0287]7.抗体变体[0288]a)糖基化变体
[0289]在某些实施方案中,对本文提供的抗体进行改变以增加或减小抗体糖基化的程度。在抗体上添加或缺失糖基化位点可以通过改变氨基酸序列以产生或去除一个或多个糖基化位点便利地达成。
[0290]在抗体包含Fc区的情况下,可以改变与其连接的碳水化合物。由哺乳动物细胞产生的天然抗体典型地包含分支的双触角(biantennary)寡糖,其一般通过N-键联连接至Fc区CH2结构域的Asn297。参见例如,Wright等人,TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物,例如甘露糖、N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖及唾液酸,以及连接至双触角寡糖结构的“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中,可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以产生具有某些改善的特性的抗体变体。[0291]在一个实施方案中,提供具有缺乏与Fc区连接(直接或间接)的海藻糖的碳水化合物结构的抗体变体。举例来说,此抗体中海藻糖的量可以是1%至80%、1%至65%、5%至65%或20%至40%。如例如WO 2008/077546中所述,通过相对于与Asn 297连接的所有糖结构(例如复合、杂交及高甘露糖结构)的总和计算Asn297处糖链内海藻糖的平均量来测定海藻糖的量(如通过MALDI-TOF质谱测量)。Asn297是指大致位于Fc区中297位(Fc区残基的Eu编号)处的天冬酰胺残基;然而,归因于抗体中的微小序列变化,Asn297也可能位于297的上游或下游约±3个氨基酸处,即,介于位置294与300之间。这些海藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。参见例如,美国专利公布号US 2003/0157108(Presta,L.);US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd)。涉及“去海藻糖基化”或“缺乏海藻糖”的抗体变体的公布的实例包括:US 2003/0157108;WO 2000/61739;WO 2001/29246;US 2003/0115614;US 2002/0164328;US 2004/0093621;US 2004/0132140;US 2004/0110704;US 2004/0110282;US 2004/0109865;WO 2003/085119;WO 2003/084570;WO 2005/035586;WO 2005/035778;WO2005/053742;WO2002/031140;Okazaki等人,J.Mol.Biol.336”1239-1249
40
CN 107073121 A
说 明 书
37/48页
(2004);Yamane-Ohnuki等人,Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生去海藻糖化抗体的细胞系的实例包括缺乏蛋白质海藻糖化的Lec13 CHO细胞(Ripka等人,Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986);Presta,L的美国专利申请号US 2003/0157108 A1;及Adams等人的WO 2004/056312 A1,尤其实施例11);及基因敲除细胞系,如α-1,6-海藻糖基转移酶基因FUT8基因敲除的CHO细胞(参见例如,Yamane-Ohnuki等人,Biotech.Bioeng.87:614(2004);Kanda,Y.等人,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006);及WO2003/085107)。[0292]另外提供了具有对分的寡糖的抗体变体,例如其中连接至抗体Fc区的双触角寡糖经GlcNAc对分。此类抗体变体可以具有减少的海藻糖化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的实例描述于例如WO 2003/011878(Jean-Mairet等人)、美国专利号6,602,684(Umana等人)及US 2005/0123546(Umana等人)中。还提供了寡糖中至少1个半乳糖残基连接至Fc区的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体描述于例如WO 1997/30087(Patel等人);WO 1998/58964(Raju,S.);及WO 1999/22764(Raju,S.)中。[0293]b)Fc区变体
[0294]在某些实施方案中,可以将一个或多个氨基酸修饰引入本文提供的抗体的Fc区中,由此产生Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置处包含氨基酸修饰(例如取代)的人类Fc区序列(例如人类IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)。[0295]在某些实施方案中,本发明涵盖具有一些但非所有效应功能的抗体变体,此使其成为合乎应用需要的候选物,在这些应用中,抗体在体内的半衰期很重要,而某些效应功能(如补体和ADCC)是不必要或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性分析以确定CDC和/或ADCC活性的降低/衰竭。举例来说可以进行Fc受体(FcR)结合分析,以确保抗体缺乏FcγR结合能力(由此可能缺乏ADCC活性),但保留FcRn结合能力。介导ADCC的原代细胞NK细胞仅表达Fc(RIII,而单核细胞表达Fc(RI、Fc(RII及Fc(RIII。FcR在造血细胞上的表达概括于Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)第464页的表3中。用于评估所关注分子的ADCC活性的非限制性实施例描述于美国专利号5,500,362(参见例如,Hellstrom,I.等人,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))及Hellstrom,I等人,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985);5,821,337(参见Bruggemann,M.等人,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))中。或者,可以使用非放射性分析方法(参见例如,有关流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性分析(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA);及CytoTox
非放射性细胞毒性分析(Promega,Madison,WI))。适用于这些分析的效应细胞
包括末梢血液单核细胞(PBMC)及自然杀手(NK)细胞。替代地或另外,可以在体内,例如在动物模型,如在Clynes等人,Proc.Nat′l Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)中公开的动物模型中,评估所关注分子的ADCC活性。还可以进行C1q结合分析以确定抗体无法与C1q结合并因此缺乏CDC活性。参见例如,WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体活化,可以进行CDC分析(参见例如,Gazzano-Santoro等人,J.Immunol.Methods 202:163(1996);Cragg,M.S.等人,Blood 101:1045-1052(2003);及Cragg,M.S.及M.J.Glennie,Blood 103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法测定FcRn结合及体内清除率/半衰期(参见例如,Petkova,S.B.等人,Int′l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
41
CN 107073121 A[0296]
说 明 书
38/48页
效应功能降低的抗体的非限制性实例包括Fc区残基238、265、269、270、297、327及
329中的一个或多个具有取代的抗体(美国专利号6,737,056)。这些Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297及327中的两个或更多个处具有取代的Fc突变体,包括残基265和297取代为丙氨酸的所谓“DANA”Fc突变体(美国专利号7,332,581)。[0297]与FcR的结合得到改善或减弱的某些抗体变体已有描述。(参见例如,美国专利号6,737,056;WO 2004/056312;及Shields等人,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。)在某些实施方案中,抗体变体包含具有改善ADCC的一个或多个氨基酸取代(例如Fc区位置298、333和/或334(残基的EU编号)处的取代)的Fc区。在一些实施方案中,在Fc区中进行改变,引起C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)改变(即,改善或削弱),例如,如美国专利号6,194,551、WO 99/51642及Idusogie等人,J.Immunol.164:4178-4184(2000)中所述。
[0298]在US2005/0014934A1(Hinton等人)中描述了半衰期增加并且与新生儿Fc受体(FcRn)的结合得到改善的抗体,FcRn负责将母体IgG转移至胎儿中(Guyer等人,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等人,J.Immunol.24:249(1994))。这些抗体包含的Fc区具有改善Fc区与FcRn的结合的一个或多个取代。这些Fc变体包括在以下Fc区残基中的一个或多个处具有取代的Fc变体:238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434,例如Fc区残基434的取代(美国专利号7,371,826)。关于Fc区变体的其它实例,另参见Duncan&Winter Nature 322:738-40(1988);美国专利号5,648,260;美国专利号5,624,821;及WO 94/29351。[0299]c)半胱氨酸工程改造的抗体变体[0300]在某些实施方案中,可能需要例如通过使用THIOMABTM技术产生半胱氨酸工程改造的抗体,在此技术中,抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代。在特定实施方案中,被取代的残基存在于抗体的可达位点处。通过用半胱氨酸取代这些残基,反应性硫醇基由此定位于抗体的可达位点处并且可以用于将抗体与其它部分(如药物部分或连接子-药物部分)结合以产生如本文中进一步描述的免疫偶联物。在某些实施方案中,以下任一个或多个残基可以被半胱氨酸取代:轻链的V205(Kabat编号)重链的A118(EU编号);及重链Fc区的S400(EU编号)。如美国专利号7,521,541和美国专利公布号20110301334(整体并入本文中)中所描述,其它抗体可以被设计成具有半胱氨酸取代。半胱氨酸工程改造的抗体可以如例如美国专利号7,521,541中所述来产生。[0301]B.免疫偶联物
[0302]本文另外提供免疫偶联物,所述免疫偶联物包含结合所关注多肽,如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3或B-raf的抗体与一种或多种细胞毒性剂,如化学治疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如蛋白质毒素;细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素;或其片段)或用于本文所描述的方法中的放射性同位素的偶联物。
[0303]在一个实施方案中,免疫偶联物是抗体-药物偶联物(ADC),其中抗体与一种或多种药物偶联,包括但不限于,类美登素(maytansinoid)(参见美国专利号5,208,020、5,416,064,及欧洲专利EP 0 425 235 B1);奥里斯他汀(auristatin),如单甲基奥里斯他汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利号5,635,483以及5,780,588和7,498,298);多拉斯他汀(dolastatin);卡奇霉素(calicheamicin)或其衍生物(参见美国专利号5,712,374、
42
CN 107073121 A
说 明 书
39/48页
5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001及5,877,296;Hinman等人,Cancer Res.53:3336-3342(1993);及Lode等人,Cancer Res.58:2925-2928(1998));蒽环霉素(anthracycline),如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(参见Kratz等人,Current Med.Chem.13:477-523(2006);Jeffrey等人,Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362(2006);Torgov等人,Bioconj.Chem.16:717-721(2005);Nagy等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000);Dubowchik等人,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002);King等人,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002);及美国专利号6,630,579);甲氨蝶呤;长春地辛;紫杉烷,如多西他赛(docetaxel)、太平洋紫杉醇(paclitaxel)、拉罗他赛(larotaxel)、特西紫杉醇(tesetaxel)及奥他紫杉醇(ortataxel);单端孢烯(trichothecene);及CC1065。[0304]在另一实施方案中,免疫偶联物包含如本文所述的抗体与酶活性毒素或其片段的偶联物,包括但不限于,白喉(diphtheria)A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素(exotoxin)A链(来自绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa))、篦麻毒素A链、相思子毒素(abrin)A链、莫迪素(modeccin)A链、α-帚曲菌素(alpha-sarcin)、油桐(Aleurites fordii)蛋白、石竹素(dianthin)蛋白、洋商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII及PAP-S)、苦瓜(momordica charantia)抑制剂、麻疯树毒蛋白(curcin)、巴豆毒素(crotin)、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂、白树素(gelonin)、有丝分裂素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、伊诺霉素(enomycin)及霉菌毒素(tricothecene)。
[0305]在另一实施方案中,免疫偶联物包含如本文所述的抗体与放射性原子偶联形成的放射性偶联物。多种放射性同位素可用于制造放射性偶联物。实例包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212及Lu的放射性同位素。当使用放射性偶联物进行检测时,其可以包含用于闪烁摄影研究的放射性原子,例如Tc99m或I123;用于核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像,mri)的自旋标记,如碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。
[0306]抗体与细胞毒性剂可以使用多种双官能蛋白质偶合剂进行偶联,这些双官能蛋白质偶合剂如N-琥珀酰亚胺基-3-(2-吡啶基二硫基)丙酸酯(SPDP)、琥珀酰亚胺基-4-(N-顺丁烯二酰亚胺基甲基)环己烷-1-甲酸酯(SMCC)、亚氨基硫杂环戊烷(IT)、酰亚胺酯的双官能衍生物(如二亚氨代己二酸二甲酯盐酸盐(dimethyl adipimidate HCl))、活性酯(如二琥珀酰亚胺基辛二酸酯)、醛(如戊二醛)、双叠氮基化合物(如双(对叠氮基苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(如双(对重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯(如2,6-二异氰酸甲苯酯)及双活性氟化合物(如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。举例来说,蓖麻毒素免疫毒素可以如Vitetta等人,Science,238:1098(1987)中所述来制备。碳-14标记的1-异硫氰氧基苯甲基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于偶联放射性核苷酸与抗体的一种示例性螯合剂。参见WO94/11026。连接子可以是有助于细胞毒性药物在细胞中释放的“可裂解连接子”。举例来说,可以使用酸不稳定性连接子、肽酶敏感性连接子、光不稳定性连接子、二甲基连接子或含二硫键的连接子(Chari等人,Cancer Res.52:127-131(1992);美国专利号5,208,020)。
[0307]本文中的免疫偶联物或ADC清楚地涵盖但不限于,以交联剂制备的偶联物,包括但
43
CN 107073121 A
说 明 书
40/48页
不限于,BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC及磺基-SMPB,以及SVSB(琥珀酰亚胺基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯),这些是可商购的(例如,购自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。[0308]C.结合多肽
[0309]还提供了用于本文所描述的方法中的结合多肽,所述结合多肽结合至,优选特异性结合至FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf的多肽。在一些实施方案中,结合多肽是FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)拮抗剂、MEK1拮抗剂、MEK2拮抗剂、MEK1/2拮抗剂、PIK3拮抗剂和/或B-raf拮抗剂。结合多肽可以使用已知的多肽合成方法以化学方式合成,或者可以使用重组技术制备并纯化。结合多肽通常是至少约5个氨基酸长度,或者至少约6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100个氨基酸长度或更长,其中此类结合多肽能够结合至,优选特异性结合至如本文所描述的标靶,例如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3或B-raf。结合多肽可以使用众所周知的技术鉴别,无需过度实验。就这一点来说,应注意,用于筛选能够特异性结合至多肽标靶的结合多肽的多肽文库的技术是本领域中众所周知的(参见例如,美国专利号5,556,762、5,750,373、4,708,871、4,833,092、5,223,409、5,403,484、5,571,689、5,663,143;PCT公布号WO 84/03506和WO84/03564;Geysen等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,81:3998-4002(1984);Geysen等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,82:178-182(1985);Geysen等人,Synthetic Peptides as Antigens,130-149(1986);Geysen等人,J.Immunol.Meth.,102:259-274(1987);Schoofs等人,J.Immunol.,140:611-616(1988),Cwirla,S.E.等人(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,87:6378;Lowman,H.B.等人(1991)Biochemistry,30:10832;Clackson,T.等人(1991)Nature,352:624;Marks,J.D.等人(1991),J.Mol.Biol.,222:581;Kang,A.S.等人(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,88:8363;及Smith,G.P.(1991)Current Opin.Biotechnol.,2:668)。
[0310]产生多肽文库及筛选这些文库的方法另公开于美国专利号5,723,286、5,432,018、5,580,717、5,427,908、5,498,530、5,770,434、5,734,018、5,698,426、5,763,192及5,723,323中。
[0311]D.结合小分子
[0312]本文提供了用于本文所描述的方法中的用作FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf的小分子拮抗剂的结合小分子。
[0313]结合小分子优选是结合至,优选特异性结合至FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf的除本文所定义的结合多肽或抗体外的有机小分子。结合有机小分子可以使用已知方法鉴别及化学合成(参见例
44
CN 107073121 A
说 明 书
41/48页
如,PCT公布号WO00/00823和WO00/39585)。结合有机小分子的尺寸通常小于约2000道尔顿,或者尺寸小于约1500、750、500、250或200道尔顿,其中能够结合至,优选特异性结合至本文所描述的多肽的此类有机小分子可以使用众所周知的技术鉴别,无需过度实验。就这一点来说,应注意,用于筛选能够结合至所关注多肽的分子的有机小分子文库的技术是本领域中众所周知的(参见例如,PCT公布号WO00/00823和WO00/39585)。结合有机小分子可以是例如醛、酮、肟、腙、缩氨基脲、卡巴肼、伯胺、仲胺、叔胺、N-取代的肼、酰肼、醇、醚、硫醇、硫醚、二硫化物、羧酸、酯、酰胺、脲、氨基甲酸酯、碳酸酯、缩酮、硫代缩酮、缩醛、硫代缩醛、芳基卤化物、芳基磺酸酯、烷基卤化物、烷基磺酸酯、芳香族化合物、杂环化合物、苯胺、烯烃、炔烃、二醇、氨基醇、噁唑烷、噁唑啉、噻唑烷、噻唑啉、烯胺、磺酰胺、环氧化物、氮丙啶、异氰酸酯、磺酰氯、重氮化合物、酰氯等。[0314]E.拮抗剂多聚核苷酸
[0315]本文还提供了用于本文所描述的方法中的多聚核苷酸拮抗剂。该多聚核苷酸可以是反义核酸和/或核糖酶。所述反义核酸包含与所关注基因,如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf基因的RNA转录物的至少一部分互补的序列。不过,不需要但优选绝对互补性。[0316]本文提到的“与RNA的至少一部分互补的”序列意指具有足够互补性以致能够与该RNA杂交形成稳定双链体的序列;在双链反义核酸的情况下,因此可以测试双链体DNA的单一链,或可以分析三链体的形成。杂交能力将取决于互补程度及反义核酸的长度。一般来说,杂交核酸越大,则其可能含有的与RNA的碱基错配越多,并且仍形成稳定双链体(或视情况,三链体)。本领域技术人员可以使用测定杂交复合物的熔点的标准程序来确定错配的耐受程度。
[0317]与信使的5′端,例如5′不翻译序列直至并且包括AUG起始密码子互补的多聚核苷酸应当在抑制翻译方面最有效。然而,已经显示与mRNA的3′不翻译序列互补的序列也可有效抑制mRNA的翻译。大体上参见Wagner,R.,1994,Nature 372:333-335。因此,与基因的5′-或3′-非翻译、非编码区互补的寡聚核苷酸可以用于反义方法中以抑制内源mRNA的翻译。与mRNA的5′不翻译区互补的多聚核苷酸应包括AUG起始密码子互补序列。与mRNA编码区互补的反义多聚核苷酸是不太有效的翻译抑制剂,但可以根据本发明使用。无论是否设计成与mRNA的5′、3′-或编码区杂交,反义核酸都应当至少六个核苷酸长度,并且优选是长度为6至约50个核苷酸的寡聚核苷酸。在特定方面,该寡聚核苷酸是至少10个核苷酸、至少17个核苷酸、至少25个核苷酸或至少50个核苷酸。[0318]F.抗体和结合多肽变体[0319]在某些实施方案中,涵盖本文提供的抗体和/或结合多肽的氨基酸序列变体。举例来说,可能希望改善抗体和/或结合多肽的结合亲和力和/或其它生物特性。抗体和/或结合多肽的氨基酸序列变体可以通过将适当修饰引入编码该抗体和/或结合多肽的核苷酸序列中或通过肽合成进行制备。这些修饰包括例如在抗体和/或结合多肽的氨基酸序列内进行残基的缺失和/或插入和/或取代。可以进行缺失、插入及取代的任何组合以获得最终构建体,只要最终构建体具有所希望的特征,例如抗原结合。[0320]在某些实施方案中,提供具有一个或多个氨基酸取代的抗体变体和/或结合多肽变体。用于进行取代诱变的所关注位点包括HVR和FR。保守取代显示于表1中的标题“优选的
45
CN 107073121 A
说 明 书
42/48页
取代”之下。更多显著改变提供于表1中“示例性取代”的标题下,并且如以下参照氨基酸侧链类别进一步描述。可以将氨基酸取代引入所关注抗体和/或结合多肽中并且筛选具有所希望活性,例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性或改善的ADCC或CDC的产物。[0321]表1
[0322]
[0323][0324][0325]
氨基酸可以根据常见侧链特性进行分组:(1)疏水性:正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile;(2)中性亲水性:Cys、Ser、Thr、Asn、Gln;
46
CN 107073121 A[0326]
说 明 书
43/48页
(3)酸性:Asp、Glu;
[0327](4)碱性:His、Lys、Arg;[0328](5)影响链取向的残基:Gly、Pro;[0329](6)芳香族:Trp、Tyr、Phe。
[0330]非保守性取代将需要将这些类别之一的成员换成另一类别。[0331]G.抗体和结合多肽衍生物[0332]在某些实施方案中,本文提供的抗体和/或结合多肽可以进一步修饰成含有本领域中已知并且易于获得的其它非蛋白质部分。适于使抗体和/或结合多肽衍生化的部分包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性实例包括但不限于,聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/顺丁烯二酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或无规共聚物)及葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、聚氧化丙烯/氧化乙烯共聚物、聚氧乙基化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。聚乙二醇丙醛因其于水中的稳定性而可能在制造时具有优势。聚合物可以具有任何分子量,并且可以是分支或未分支的。附接至抗体和/或结合多肽的聚合物的数目可能变化,并且如果附接一种以上聚合物,则其可以是相同或不同分子。一般来说,用于衍生化的聚合物的数目和/或类型可以基于以下考虑来确定:包括但不限于,待改善抗体和/或结合多肽的特殊特性或功能,抗体衍生物和/或结合多肽衍生物是否将在指定条件下用于疗法等。[0333]在另一实施方案中,提供了抗体和/或结合多肽与可以通过曝露于辐射进行选择性加热的非蛋白部分的偶联物。在一个实施方案中,该非蛋白质部分是碳纳米管(Kam等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。此辐射可以具有任何波长,并且包括但不限于,不损伤普通细胞但能将非蛋白质部分加热至杀死在抗体和/或结合多肽-非蛋白质部分附近的细胞的温度的波长。
[0334]IV.筛选和/或鉴别具有所希望的功能的FGFR信号传导拮抗剂的方法[0335]以上描述了用于本文所描述的方法中的所关注多肽,如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)、FGF(例如FGF1-23)、MEK1、MEK2、MEK1/2、PIK3和/或B-raf的其它拮抗剂,包括抗体、结合多肽和/或小分子。其它拮抗剂,如本文提供的抗体、结合多肽和/或结合小分子的可以通过本领域中已知的各种分析针对其物理/化学特性和/或生物活性进行鉴别、筛选或表征。
[0336]在某些实施方案中,包括含FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽的原子座标的记忆的计算机系统可用作合理鉴别作为FGFR信号传导配体结合位点的化合物的模型。此类化合物可以例如从头设计,或通过修饰已知化合物进行设计。在其它情况下,可以通过测试已知化合物以确定该化合物是否与FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)的分子模型“对接”来鉴别结合化合物。此类对接方法是本领域中大体上众所周知的。
[0337]FGFR信号传导晶体结构数据可以与计算机建模技术结合使用,通过分析晶体结构数据来开发各种FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)-结合化合物的结合模型。位点模型以位点表面的三维形态以及包括范德华接触(van der Waals)、静电相互作用及氢键结机会在内的因素进行表征。然后,使用计算机模拟技术定位
47
CN 107073121 A
说 明 书
44/48页
被设计成与模型位点相互作用的官能团的相互作用位置,包括但不限于,质子、羟基、胺基、二价阳离子、芳香族和脂肪族官能团、酰胺基团、醇基等。这些基团可以被设计进药效团或候选化合物中,不过候选化合物将特异性结合至该位点。因此,药效团设计涉及考虑在药效团范围内的候选化合物通过任一种或全部可用类型的化学相互作用,包括氢键结、范德华、静电相互作用及共价相互作用与位点相互作用的能力,不过大体上说,药效团通过非共价机制与位点相互作用。
[0338]除使用计算机建模技术实际合成外,还可以分析药效团或候选化合物结合至FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽的能力。只有计算机模型指示以足够结合能(在一个实施例中,结合能对应于与标靶的解离常数,为约10-2M或更窄)结合标靶(例如FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽结合位点)的候选化合物才能被合成,并使用本领域技术人员已知和/或本文描述的酶分析法测试其结合至FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽及抑制FGFR信号传导(如果适用)酶功能的能力。因此,计算评价步骤避免了不可能以适当亲和力结合FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽的化合物的不必要的合成。
[0339]FGFR信号传导药效团或候选化合物可以借助于一系列步骤,以计算方式评价和设计,在这些步骤中,针对与FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽上个别结合标靶位点缔合的能力筛选并选择化学实体。本领域技术人员可以使用若干方法之一针对与FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽,并且更确切地说,与FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽上标靶位点缔合的能力筛选化学实体或片段。该方法可以通过例如基于FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)多肽坐标,或一小组本领域中已知的坐标,在计算机屏幕上目测检查标靶位点开始。[0340]为了选择诱导癌细胞死亡的拮抗剂,可以相对于参照物评估膜完整性的丧失,这一点是由例如碘丙啶(PI)、台盼蓝或7AAD摄入所指示。PI摄入分析可以在无补体和免疫效应细胞存在下进行。将肿瘤细胞与单独培养基或含有适当组合疗法的培养基一起培育。细胞培育3天时间。在每次处理之后,洗涤细胞并将其等分至带35mm滤网的12×75管中(每管1ml,每个处理组3管)以去除细胞团。然后,管中添加PI(10μg/ml)。使用流式细胞仪和CellQuest软件(Becton Dickinson)分析样品。如通过PI摄入所测定,相较于单独培养基和/或单药疗法诱导统计学显著水平的细胞死亡的拮抗剂可以被选择作为细胞死亡诱导性抗体、结合多肽或结合小分子。
[0341]在这些筛选和/或鉴别方法中的任一种的一些实施方案中,FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)的候选拮抗剂是抗体、结合多肽、结合小分子或多聚核苷酸。在一些实施方案中,FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)的拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,FGFR(例如FGFR1、FGFR2、FGFR3和/或FGFR4)和/或FGF(例如FGF1-23)的拮抗剂是小分子。[0342]V.药物配制物
[0343]如本文所述的MEK拮抗剂和/或FGFR信号传导拮抗剂、PIK3拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的药物配制物是通过将具有所希望纯度的此类抗体与一种或多种可选的药学上可接受
48
CN 107073121 A
说 明 书
45/48页
的载剂(Remington′s Pharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.编(1980))混合来制备,这些配制物呈冻干配制物或水溶液形式。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂和/或MEK拮抗剂是结合小分子、抗体、结合多肽和/或多聚核苷酸。在一些实施方案中,MEK拮抗剂和/或B-raf拮抗剂是结合小分子、抗体、结合多肽和/或多聚核苷酸。在一些实施方案中,MEK拮抗剂和/或PIK3拮抗剂是结合小分子、抗体、结合多肽和/或多聚核苷酸。药学上可接受的载剂在所用剂量和浓度下一般对接受者无毒,并且包括但不限于:缓冲剂,如磷酸盐、柠檬酸盐及其它有机酸;抗氧化剂,包括抗坏血酸和甲硫氨酸;防腐剂(如十八烷基二甲基苯甲基氯化铵;氯化六羟季铵;氯化苯甲烃铵;苄索氯铵;苯酚;丁醇或苯甲醇;对羟基苯甲酸烷酯,如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯;儿茶酚;间苯二酚;环己醇;3-戊醇;及间甲酚);低分子量(少于约10个残基)多肽;蛋白质,如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白;亲水性聚合物,如聚乙烯吡咯烷酮;氨基酸,如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸;单糖、双糖及其它碳水化合物,包括葡萄糖、甘露糖或糊精;螯合剂,如EDTA;糖,如蔗糖、甘露糖醇、海藻糖或山梨糖醇;成盐平衡离子,如钠;金属络合物(例如Zn-蛋白质络合物);和/或非离子型表面活性剂,如聚乙二醇(PEG)。本文中的示例性药学上可接受的载剂包括间质性药物分散剂,如可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP),例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白,如rHuPH20(
Baxter International,Inc.)。某些
示例性sHASEGP及使用方法,包括rHuPH20,描述于美国专利公布号2005/0260186和2006/0104968中。在一个方面,sHASEGP与一个或多个另外的葡萄糖胺聚糖酶(glycosaminoglycanase)(如硫酸软骨素酶)组合。
[0344]示例性冻干配制物描述于美国专利号6,267,958中。水性抗体配制物包括美国专利号6,171,586和WO2006/044908中描述的那些,后一种配制物包括组氨酸-乙酸盐缓冲液。[0345]视所治疗的特定适应症的需要,本文中的配制物还可以含有超过一种活性成分,优选具有不会相互不利地影响的互补活性的那些。这些活性成分适合以有效实现预定目的的量组合存在。
[0346]可以例如通过凝聚技术或通过界面聚合将活性成分覆埋在所制备的微囊中,例如分别覆埋在胶状药物递送系统(例如脂质体、白蛋白微球体、微乳液、纳米粒子及纳米胶囊)中或在巨乳液中的羟甲基纤维素或明胶微囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微囊。这些技术公开于Remington’s Pharmaceutical Sciences,第16版,Osol,A.编(1980)中。[0347]可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的适合实例包括含有FGFR信号传导拮抗剂和B-raf拮抗剂的固体疏水聚合物的半渗透性基质,这些基质呈成形物品,例如薄膜或微囊的形式。
[0348]将用于体内施用的配制物一般是无菌的。可以易于例如通过无菌过滤膜过滤实现灭菌。
[0349]VI.制品
[0350]在本发明的另一方面,提供一种含有可用于治疗、预防和/或诊断上文所描述的病症的物质的制品。该制品包含容器及在该容器上或与该容器相关联的标签或药品说明书。适合容器包括例如瓶子、小瓶、注射器、IV溶液袋等。这些容器可以由如玻璃或塑胶等多种材料形成。该容器容纳组合物自身或组合物与有效治疗、预防和/或诊断病状的另一组合物的组合,并且可以具有无菌接取口(例如,该容器可以是具有可由皮下注射针刺穿的塞子的
49
CN 107073121 A
说 明 书
46/48页
静脉内溶液袋或小瓶)。该组合物中的至少一种活性剂是MEK拮抗剂及选自由本文所述的FGFR信号传导拮抗剂、B-raf拮抗剂或PIK3拮抗剂组成的群组的一种或多种另外的药剂。标签或药品说明书指示该组合物用于治疗所选病状。此外,该制品可以包括(a)容纳组合物的第一容器,其中该组合物包含MEK拮抗剂及选自由FGFR信号传导拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂组成的群组的一种或多种另外的药剂;及(b)容纳一种组合物的第二容器,其中该组合物包含另一细胞毒性剂或其它治疗剂。该制品还可以包括(a)容纳组合物的第一容器,其中该组合物包含MEK拮抗剂;(b)容纳一种组合物的第二容器,其中该组合物包含选自由FGFR信号传导拮抗剂、PIK3拮抗剂及B-raf拮抗剂组成的群组的一种或多种另外的药剂;及任选地(c)包含另一细胞毒性剂或其它治疗剂的第三容器。[0351]在一些实施方案中,该制品包括容器、在该容器上的标签及包含在该容器中的组合物,其中该组合物包括一种或多种药剂(例如结合至一种或多种生物标记物的初级抗体,或针对本文所描述的一种或多种生物标记物的探针和/或引物),该容器上的标签指示该组合物可以用于评价样品中一种或多种生物标记物的存在,以及有关使用这些试剂评价样品中一种或多种生物标记物的存在的说明书。该制品可以另外包括有关制备样品及利用这些试剂的一组说明书和材料。在一些实施方案中,该制品可以包括如初级抗体和二次抗体等试剂,其中该二次抗体与标记,例如酶标记偶联。在一些实施方案中,该制品包括一个或多个针对本文所描述的一种或多种生物标记物的探针和/或引物。[0352]在该制品中任一种的一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂和/或B-raf拮抗剂是抗体、结合多肽、结合小分子或多聚核苷酸。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂和/或B-raf拮抗剂是小分子。在一些实施方案中,FGFR信号传导拮抗剂、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂和/或B-raf拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗体是人类抗体、人源化抗体或嵌合抗体。在一些实施方案中,该抗体是抗体片段并且该抗体片段结合FGFR信号传导和/或抑制剂。
[0353]本发明该实施方案中的制品可以另外包含药品说明书,该药品说明书指示组合物可以用于治疗特定病状。替代地或另外,该制品可以另外包括含药学上可接受的缓冲液,如注射用抑菌水(BWFI)、磷酸盐缓冲生理盐水、林格氏溶液(Ringer′s solution)及右旋糖溶液的第二(或第三)容器。其可以另外包括从商业和使用者观点看所希望的其它物质,包括其它缓冲剂、稀释剂、过滤器、针及注射器。
[0354]该制品中的其它可选组分包括一种或多种缓冲液(例如阻断缓冲液、洗涤缓冲液、底物缓冲液等)、其它试剂,如被酶标记以化学方式改变的底物(例如色原体)、表位修复溶液、对照样品(阳性和/或阴性对照)、对照载片等。[0355]应了解,作为FGFR信号传导拮抗剂、MEK拮抗剂、PIK3拮抗剂和/或B-raf拮抗剂的替代或除此之外,以上制品中的任一种可以包括本文所描述的免疫偶联物。实施例
以下是本发明的方法和组合物的实施例。应了解,根据以上提供的大体说明,可以实施各种其它实施方案。[0357]实施例1
50
[0356]
CN 107073121 A[0358]
说 明 书
47/48页
在10个HER2+乳癌细胞系和10个B-raf突变型黑素瘤细胞系中研究FGF信号传导和
抗性(图5)。该10个HER2+乳癌细胞系中有7个被FGF2保护(图5A)。该10个B-raf HER2+乳癌细胞系中有8个被FGF2保护(图5B)。接下来的分析确定,带有V600E突变的50-70%的黑素瘤细胞系被FGF2保护(n=30)。[0359]另外,还确定FGF2使关键信号传导路径重新活化以促进抗性(图6)。这一点在细胞分析中得到显示,其中使HER2+乳癌细胞在存在或不存在拉帕替尼(2μM)情况下暴露于FGF2(50ng/mL)达10分钟(图6A)。类似地,进行一项分析,其中使HER2+乳癌细胞在存在或不存在拉帕替尼(2μM)情况下暴露于FGF2(50ng/mL)达24小时(图6B)。基于这些实验,确定FGF2刺激下游信号传导的持续活化。[0360]实施例2[0361]另外对分泌因子介导的信号传导的动力学和反馈机制进行研究。已经显示FGFR靶向有效地阻断FGF2保护。
[0362]使三个细胞系(624MEL、928MEL及LOX IMVI)暴露于(5μM)PLX4032(即,威罗非尼)达4小时,然后暴露于分泌的(50ng/mL)FG F(亚型1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、16、17、18、19、20、21及22)达10分钟。制备免疫印迹并探测p-MEK和p-ERK。据测定,许多FGF活化MAPK路径,但不促进抗性(图7A)。另外,使624MEL和982MEL细胞系暴露于5μM PLX4032达24小时,并且暴露于50ng/mL FGF(亚型1、2、4、6、8、9、17及18)达24小时,然后加工以得到免疫印迹。探测免疫印迹中的p-MEK和p-ERK。据测定,信号的寿命可能起到作用,但获得药物抗性涉及其它因素(图7B)。[0363]此外,还研究了与FGF保护的下游介体有关的反馈机制(图8)。BT-474乳癌细胞在存在或不存在p38、PI3K、MEK及FGFR中一种或多种抑制剂的情况下,用2μM拉帕替尼或2μM拉帕替尼加50ng/mL FGF2处理(图8A)。将细胞另用2μM拉帕替尼、MEK抑制剂,和/或p38、PI3K、p38和PI3K,或FGFR的小分子抑制剂预处理,然后用50ng/mL FGF2刺激10分钟。对经过预处理和刺激的细胞进行加工并进行免疫印迹,以探测p-HER2、pMEK、MEK、p-ERK、ERK、p90RSK(pS380)、p90RSK、p-p38MAPK(T180/Y182)、p38MAPK、p-Akt(S473)、Akt及β-肌动蛋白(图8B)。还使用了HCC-1954和UACC-893乳癌细胞系进行类似预处理/刺激实验。[0364]据测定,有效阻断下游路径通常不能克服FGF2保护,而且多种反馈和补偿机制明显可见。另外,已经确定只有FGFR靶向有效地阻断FGF2保护。[0365]实施例3
[0366]对CHL-1黑素瘤细胞进行实验以确定单一药物和双重药物治疗对细胞生长的影响(图11)。将细胞用DMSO(对照)、GDC-0973、GDC-0032、BGJ398、GDC-0973加GDC-0032,或GDC-0973加BGJ398处理。在第7、14、21、28及35天观察细胞生长,或观察直到细胞达到近100%汇合。结果显示,用BGJ398处理的细胞在第14天达到汇合,仅用DMSO或GDC-0032处理的细胞在第7天达到汇合,而仅用GDC-0973处理的细胞在第28天达到汇合。相比之下,用GDC-0973加GDC-0032的组合处理,或GDC-0973加BGJ398的组合处理的细胞直到第35天时仍未达到汇合。
[0367]因此,在CHL-1黑素瘤细胞中,GDC-0973加GDC-0032的组合治疗以及GDC-0973加BGJ398的组合在防止/减慢细胞增殖和/或促进细胞死亡方面比单一药剂有效。[0368]实施例4
51
CN 107073121 A[0369]
说 明 书
48/48页
对Hs 893.T黑素瘤细胞进行实验以确定单一药物和双重药物治疗对细胞生长的
影响(图12)。将细胞用DMSO(对照)、GDC-0973、GDC-0032、BGJ398、GDC-0973加GDC-0032,或GDC-0973加BGJ398处理。在第7、14、21、28及35天观察细胞生长。与实施例3中的CHL-1细胞(图11)不同,将Hs 893.T细胞用单一药剂和双重药剂治疗未达到汇合的结果。然而,用DMSO或者单一药剂治疗之一处理的细胞展现的增殖和/或细胞死亡减少高于用GDC-0973加GDC-0032的组合治疗或GDC-0973加BGJ398的组合处理的细胞。[0370]因此,在HS 893.T黑素瘤细胞中,GDC-0973加GDC-0032的组合治疗以及GDC-0973加BGJ398的组合在防止/减慢细胞增殖和/或促进细胞死亡方面比单一药剂有效。[0371]实施例5[0372]对HS 895.T正常皮肤成纤维细胞进行实验以确定单一药物和双重药物治疗对细胞生长的影响(图13)。将细胞用DMSO(对照)、GDC-0973、GDC-0032、BGJ398、GDC-0973加GDC-0032,或GDC-0973加BGJ398处理。在第7、14、21、28及35天观察细胞生长成观察直到细胞达到近100%汇合。结果显示,用BGJ398和DMSO处理的细胞到第28天时达到汇合。用GDC-0973、GDC-0032、GDC-0973加GDC-0032以及GDC-0973加BGJ398处理的细胞到第35天时仍未达到汇合。不过,相较于单一药剂治疗,GDC-0973/GDC-0032和GDC-0973/BGJ398双药治疗显示明显减少的增殖(和/或明显增加的死亡)。[0373]因此,在HS 895.T正常皮肤成纤维细胞中,GDC-0973加GDC-0032的组合治疗以及GDC-0973加BGJ398的组合在防止/减慢细胞增殖和/或促进细胞死亡方面比单一药剂有效。[0374]实施例6[0375]制备对威罗非尼具有抗性的黑素瘤细胞(“SK MEL 24 VemR”)。将SK MEL 24 VemR细胞用威罗非尼(PLX4032)、BGJ398、GDC-0973、BGJ398加GDC-0973、威罗非尼加BGJ398、威罗非尼加GDC-0973,或威罗非尼、BGJ398加GDC-0973处理。在所有处理情况下,威罗非尼的浓度都是5μM,,BGJ398的浓度都是1μM,并且GDC-0973的浓度都是0.5μM。所有处理的暴露时间都是24小时。
[0376]接着对细胞进行加工并且通过Western印迹法探测FGFR1、pAKT、pMEK、pERK、PARP、pBAD、BIM及β肌动蛋白。如图14中所示,用GDC-0973抑制SK MEL 24 VemR细胞看来使pERK含量降低。此外,当用MEK和FGFR抑制剂(即,GDC-0973加BGJ398的组合治疗)处理细胞时,pERK含量进一步降低。[0377]实施例7
[0378]产生对威罗非尼和克比替尼具有双重抗性(即,对PLX4032和GDC-0973具有抗性)的细胞系。对亲本细胞系(即,G361)、威罗非尼单药抗性细胞系(即,G361 VemR)及威罗非尼加克比替尼双药抗性细胞系(即,G361 RR)进行细胞活力分析。在活力分析期间,将细胞用BCL-XL抑制剂(图15A和15B)或BCL-XL/BCL-2抑制剂(图15C和15D)处理。抑制剂筛选/活力分析的结果显示,双药抗性模型对BCL-2/XL抑制剂的敏感性高于亲本或威罗非尼单药抗性细胞系。
[0379]虽然上文已出于清楚理解的目的借助于说明和实施例略为详细地描述了本发明,但不应将这些描述和实施例解释为限制本发明的范围。本文引用的所有专利和科学文献的公开内容都以引用的方式整体清楚地并入本文中。
52
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
1/20页
图1A
图1B
53
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
2/20页
图1C
图1D
图2A
54
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
3/20页
图2B
图2C
55
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
4/20页
图2D
图3A
56
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
5/20页
图3B
图3C
57
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
6/20页
图4A
图4B
图4C
58
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
7/20页
图5A
59
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
8/20页
图5B
60
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
9/20页
图5C
图6A
61
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
10/20页
图6B
图7A
62
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
11/20页
图7B
图7C
图8A
63
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
12/20页
图8B
64
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
13/20页
图9A
65
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
14/20页
图9B
图10A
66
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
15/20页
图10B
图11
67
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
16/20页
图12
68
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
17/20页
图13
69
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
18/20页
图14
70
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
19/20页
图15A
图15B
71
CN 107073121 A
说 明 书 附 图
20/20页
图15C
图15D
72
因篇幅问题不能全部显示,请点此查看更多更全内容