员工自离的后果：
一、对擅自离职的，以旷工论处，可按照《企业职工奖惩条例》的规定，给予除名处理。
二、给用人单位造成经济损失，用人单位可以看追究该劳动者的责任。
三、按照国家规定，自动离职的劳动者不享受任何待遇。
员工“自离”后，用人单位应采取的具体措施
1、及时书面通知“员工”解除劳动合同
《劳动合同法》的规定，解除劳动合同需要有法定事由，或一方，或双方合意。否则，即为违法解除劳动合同。据此，员工“自离”行为并不当然发生解除劳动合同的法律后果。因此，用人单位一旦发生员工“自离”，应当及时作出解除劳动合同的书面决定并送达员工或者进行公告。
2、及时结算工资，并足额支付
《劳动法》第50条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”据此，当发生员工“自离”的情况时，对于其已提供的劳动部份所对应的工资，不得克扣，应当及时足额的支付。只有在用人单位无法支付的情况下，可暂缓支付。
3、及时办理人事档案和社保转移手续
《劳动合同法》第50条：“用人单位应在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在15日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。”在员工自离且无法通知解除劳动合同的情况下，用人单位可采取公告通知的形式解除劳动合同后，依法封存自离员工的社保账户。在此期间，用人单位为自离员工多缴纳的社保金额，可以从工资中扣回，如果不足，可向法院起诉。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》
第四章 劳动合同的解除和终止
第三十六条 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
第三十七条 劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第三十八条 用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
(二)未及时足额支付劳动报酬的；
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
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