医疗事故过了三年诉讼时效，处理如下：1、患者可以和医疗机构协商赔偿问题。2、患者可以向卫生主管部门申请调解。3、义务人可以提出不履行义务的抗辩。
法律依据
《民法典》第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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